#' Table with number of registrations
#'
#' Table with number of registrations within different registration types
#' at the different hospital units as well as the sum nationally
#'
#' @param RegData Registry data
#' @param userRole
#' @param reshID
#' @param datoFra
#' @param datoTil
#'
#' @return A DT::datatable
#' @export
NorSpis1TabRegStatus <- function(RegData,
userRole,
reshID,
datoFra,
datoTil) {
#Pre-process data:
RegData <- NorSpis1_1_Preprosess(RegData=RegData)
#blant annet velger man her i preprosess-funksjonen kun
#ferdigstilte registreringer
#------- Gjøre utvalg
NorSpisUtvalg <- NorSpis1_3_Utvalg(RegData=RegData,
datoFra=datoFra,
datoTil=datoTil)
RegData <- NorSpisUtvalg$RegData
utvalgTxt <- NorSpisUtvalg$utvalgTxt
# Endre datoformat (as.tibble krever dato på POSIXct-format)
# FIKS: burde ligge i Preprosseseringsfila, men kan p.t. (mars 2019) ikke
#endres der, da andre funksjoner krever andre datoformat
RegData$HovedDato <- as.POSIXct(RegData$HovedDato, format="%Y-%m-d")
#format="%Y-%m-%d") #23.mai 2018: måtte endre linje pga. bug - antagelig har
#HNIKT endret datoformat i datadump siden sist
RegData$Dato <- as.POSIXct(RegData$Dato, format="%Y-%m-d")#format="%Y-%m-%d")
#23.mai 2018: måtte endre linje pga. bug - antagelig har HNIKT
#endret datoformat i datadump siden sist
#Lage tabell
TabRegStatus <-
RegData %>%
#to count only unique patients :#distinct(PasientID, .keep_all = TRUE)%>%
count(SykehusAvdNavn, RegRegtype) %>% #Counts number of registrations
#Make new variables to make sure all categories/columns of reg.type
#is included when "spreading", in case of unused reg.types (commands
#further down will fail if not included):
mutate('1'= NA,'2'=NA,'3'=NA,'4'=NA,
'5'= NA, '6'=NA,'98'=NA, '99'=NA)%>%
tidyr::spread(RegRegtype,n) %>% #Makes crosstab: (spreading to make
#a cross tabulation/contingency table (n column used below was created
#by count function above))
#see: analyticswithr.com/contingencytables.html
rename('Behandlingsenhet'="SykehusAvdNavn",
'Utredning voksen'='1',
'Utredning ungdom/barn'='2',
'Startregistrering voksen'='3',
'Startregistrering ungdom/barn'='4',
'Sluttregistrering voksen'= '5',
'Sluttregistrering ungdom/barn'='6',
'Avbrutt behandling voksen'='98',
'Avbrutt behandling ungdom/barn'='99') %>%
select('Behandlingsenhet',
'Utredning ungdom/barn',
'Startregistrering ungdom/barn',
'Sluttregistrering ungdom/barn',
'Avbrutt behandling ungdom/barn',
'Utredning voksen',
'Startregistrering voksen',
'Sluttregistrering voksen',
'Avbrutt behandling voksen') %>%#Rearranges the order of the columns
tibble::as_tibble() %>%
#Make sum column:
replace(is.na(.),0) %>%
mutate(SUM = rowSums(.[2:9]))%>%
#Make sum row
janitor::adorn_totals("row")%>%
#Change name of sum row from "Total" (default in Janitor) to "SUM"
mutate(Behandlingsenhet=replace(
Behandlingsenhet, Behandlingsenhet=='Total', 'SUM'))
#knitr::kable(TabRegStatus)
DT::datatable(TabRegStatus, options = list(pageLength = 50))
}
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.