mygene.R: Access MyGene.Info_ services

### R code from vignette source 'mygene.Rnw'

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### code chunk number 1: style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: mygene.Rnw:32-33
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library(mygene)


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### code chunk number 3: mygene.Rnw:36-42
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gene <- getGene("1017", fields="all")
length(gene)
gene$name
gene$taxid
gene$uniprot
gene$refseq


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### code chunk number 4: mygene.Rnw:52-53
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getGenes(c("1017","1018","ENSG00000148795"))


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### code chunk number 5: mygene.Rnw:67-68
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query(q="cdk2", size=5)


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### code chunk number 6: mygene.Rnw:71-72
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query(q="NM_013993")


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### code chunk number 7: mygene.Rnw:82-84
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queryMany(c('1053_at', '117_at', '121_at', '1255_g_at', '1294_at'),
          scopes="reporter", species="human")


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### code chunk number 8: mygene.Rnw:90-102
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xli <- c('DDX26B', 
       'CCDC83', 
       'MAST3', 
       'RPL11', 
       'ZDHHC20', 
       'LUC7L3', 
       'SNORD49A', 
       'CTSH', 
       'ACOT8')
txdb <- makeTxDbFromMyGene(xli, 
          scopes="symbol", species="human")
transcripts(txdb)


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### code chunk number 9: mygene.Rnw:117-127
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xli <- c('DDX26B', 
       'CCDC83', 
       'MAST3', 
       'FLOT1', 
       'RPL11', 
       'ZDHHC20', 
       'LUC7L3', 
       'SNORD49A', 
       'CTSH', 
       'ACOT8')


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### code chunk number 10: mygene.Rnw:132-133
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queryMany(xli, scopes="symbol", fields="entrezgene", species="human")


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### code chunk number 11: mygene.Rnw:140-143
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out <- queryMany(xli, scopes="symbol", fields="ensembl.gene", species="human")
out
out$ensembl.gene[[4]]


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### code chunk number 12: mygene.Rnw:151-158
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xli <- c('DDX26B', 
       'CCDC83', 
       'MAST3', 
       'FLOT1', 
       'RPL11', 
       'Gm10494')
queryMany(xli, scopes="symbol", fields="entrezgene", species="human")


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### code chunk number 13: mygene.Rnw:163-172
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xli <- c('DDX26B', 
       'CCDC83', 
       'MAST3', 
       'FLOT1', 
       'RPL11', 
       'Gm10494', 
       '1007_s_at', 
       'AK125780')



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### code chunk number 14: mygene.Rnw:177-181
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out <- queryMany(xli, scopes=c("symbol", "reporter","accession"), 
             fields=c("entrezgene","uniprot"), species="human")
out
out$`uniprot.Swiss-Prot`[[5]]


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### code chunk number 15: mygene.Rnw:192-194
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queryMany(xli, scopes=c("symbol", "reporter", "accession"), 
          fields=c("entrezgene", "uniprot"), species='human', returnall=TRUE)