smwrStats: R functions to support statistical methods in water resources

### R code from vignette source 'ANCOVA.Rnw'

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### code chunk number 1: ANCOVA.Rnw:29-35
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# Load the smwrStats and smwrData packages
library(smwrStats)
library(smwrData)
# Get the dataset
data(UraniumTDS)
head(UraniumTDS)


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### code chunk number 2: ANCOVA.Rnw:45-50
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# Create the ANCOVA model
UTDS.anc <- lm(log(Uranium) ~ HCO3*log(TDS), data=UraniumTDS)
# Perform the diagnostics after seleting the "best" subset
# The trace can be instructive, but is not necessary.
UTDS.best <- ancovaReg(UTDS.anc, trace=TRUE)


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### code chunk number 3: ANCOVA.Rnw:60-62
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# Print the final ANCOVA model
print(UTDS.best)


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### code chunk number 4: ANCOVA.Rnw:74-82
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# setSweave is a specialized function that sets up the graphics page for
# Sweave scripts. For interactive use, it should be removed and the
# default setting for set.up can be used.
setSweave("ancplot01", 5, 5)
plot(UTDS.best, which=1, set.up=FALSE)
# Required call to close PDF output graphics

graphics.off()


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### code chunk number 5: ANCOVA.Rnw:84-86
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cat("\\includegraphics{ancplot01.pdf}\n")
cat("\\paragraph{}\n")


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### code chunk number 6: ANCOVA.Rnw:91-99
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# setSweave is a specialized function that sets up the graphics page for
# Sweave scripts. For interactive use, it should be removed and the
# default setting for set.up can be used.
setSweave("ancplot02", 5, 5)
plot(UTDS.best, which=2, set.up=FALSE)
# Required call to close PDF output graphics

graphics.off()


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### code chunk number 7: ANCOVA.Rnw:101-103
###################################################
cat("\\includegraphics{ancplot02.pdf}\n")
cat("\\paragraph{}\n")


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### code chunk number 8: ANCOVA.Rnw:114-121
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# setSweave is a specialized function that sets up the graphics page for
# Sweave scripts. For interactive use, it should be removed and the
# default setting for set.up can be used.
setSweave("ancplot03", 5, 5)
plot(UTDS.best, which=3, set.up=FALSE)
# Required call to close PDF output graphics
graphics.off()


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### code chunk number 9: ANCOVA.Rnw:123-125
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cat("\\includegraphics{ancplot03.pdf}\n")
cat("\\paragraph{}\n")


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### code chunk number 10: ANCOVA.Rnw:135-142
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# setSweave is a specialized function that sets up the graphics page for
# Sweave scripts. For interactive use, it should be removed and the
# default setting for set.up can be used.
setSweave("ancplot04", 5, 5)
plot(UTDS.best, which=5, set.up=FALSE)
# Required call to close PDF output graphics
graphics.off()


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### code chunk number 11: ANCOVA.Rnw:144-146
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cat("\\includegraphics{ancplot04.pdf}\n")
cat("\\paragraph{}\n")


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### code chunk number 12: ANCOVA.Rnw:156-163
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# setSweave is a specialized function that sets up the graphics page for
# Sweave scripts. For interactive use, it should be removed and the
# default setting for set.up can be used.
setSweave("ancplot05", 5, 5)
plot(UTDS.best, which=6, set.up=FALSE)
# Required call to close PDF output graphics
graphics.off()


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### code chunk number 13: ANCOVA.Rnw:165-167
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cat("\\includegraphics{ancplot05.pdf}\n")
cat("\\paragraph{}\n")