In bioinfo-pf-curie/cookieCrispR: Downstream analysis of Crispr screening counts data

Intro

Inspiré des scripts de Pierre. L'application prend en compte 4 fichiers en entrée. Elle applique une normalisation log(cpm) sur les données puis crée diverses Distributions pour décrire celle-ci. (Onglet Descriptive analysis) Peut être est-il possible d'incorporer par la suite la partie écrite par Pierre dans un onfle Statistical analysis... ?

Input specifications

• Liste des gènes essentiels contenues dans une colonne au format texte, sans header.
• Liste des gènes non-essentiels contenues dans une colonne au format texte, sans header.
• Table de comptage au format csv. Les rownames correspondent aux noms de guides, les colnames aux échantillons.
• Fichier de description des échantillons contentant une seule colonne au format texte. Respectant le format suivant. SAMPLENAME|Réplica-celltype-timepoint...

Contact

• [e-mail]
• [e-mail]

bioinfo-pf-curie/cookieCrispR documentation built on Dec. 19, 2021, 9:45 a.m.