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In david-barnett/microViz: Microbiome Data Analysis and Visualization

expected names order for comparison hasn't changed

Code
  cat(df[["names"]])
Output
  Prevotella melaninogenica et rel. Oscillospira guillermondii et rel. Bacteroides vulgatus et rel. Clostridium cellulosi et rel. Prevotella oralis et rel. Faecalibacterium prausnitzii et rel. Sporobacter termitidis et rel. Clostridium symbiosum et rel. Allistipes et rel. Clostridium orbiscindens et rel. Subdoligranulum variable at rel. Ruminococcus obeum et rel. Butyrivibrio crossotus et rel. Bacteroides fragilis et rel. Akkermansia Bacteroides ovatus et rel. Parabacteroides distasonis et rel. Dorea formicigenerans et rel. Bacteroides uniformis et rel. Dialister Bryantella formatexigens et rel. Uncultured Clostridiales I Coprococcus eutactus et rel. Clostridium leptum et rel. Clostridium sphenoides et rel. Escherichia coli et rel. Streptococcus bovis et rel. Uncultured Clostridiales II Bifidobacterium Anaerotruncus colihominis et rel. Lachnospira pectinoschiza et rel. Anaerostipes caccae et rel. Ruminococcus callidus et rel. Bacteroides splachnicus et rel. Ruminococcus bromii et rel. Prevotella tannerae et rel. Lachnobacillus bovis et rel. Eubacterium rectale et rel. Mitsuokella multiacida et rel. Outgrouping clostridium cluster XIVa Clostridium nexile et rel. Uncultured Mollicutes Streptococcus mitis et rel. Megasphaera elsdenii et rel. Bacteroides plebeius et rel. Sutterella wadsworthia et rel. Oxalobacter formigenes et rel. Tannerella et rel. Phascolarctobacterium faecium et rel. Papillibacter cinnamivorans et rel. Ruminococcus gnavus et rel. Clostridium colinum et rel. Clostridium difficile et rel. Eubacterium biforme et rel. Bacteroides stercoris et rel. Clostridium (sensu stricto) Roseburia intestinalis et rel. Eubacterium hallii et rel. Enterobacter aerogenes et rel. Eubacterium ventriosum et rel. Lactobacillus plantarum et rel. Anaerovorax odorimutans et rel. Klebisiella pneumoniae et rel. Collinsella Enterococcus Ruminococcus lactaris et rel. Clostridium stercorarium et rel. Veillonella Lactobacillus gasseri et rel. Alcaligenes faecalis et rel. Streptococcus intermedius et rel. Fusobacteria Proteus et rel. Eggerthella lenta et rel. Desulfovibrio et rel. Bulleidia moorei et rel. Campylobacter Peptococcus niger et rel. Eubacterium siraeum et rel. Weissella et rel. Coprobacillus catenaformis et rel. Oceanospirillum Vibrio Yersinia et rel. Eubacterium cylindroides et rel. Lactobacillus salivarius et rel. Clostridium ramosum et rel. Peptostreptococcus micros et rel. Helicobacter Lactococcus Bilophila et rel. Eubacterium limosum et rel. Propionibacterium Megamonas hypermegale et rel. Bacillus Corynebacterium Prevotella ruminicola et rel. Bacteroides intestinalis et rel. Uncultured Bacteroidetes Xanthomonadaceae Catenibacterium mitsuokai et rel. Burkholderia Haemophilus Serratia Leminorella Moraxellaceae Uncultured Selenomonadaceae Lactobacillus catenaformis et rel. Atopobium Aquabacterium Brachyspira Granulicatella Actinomycetaceae Staphylococcus Wissella et rel. Pseudomonas Anaerofustis Uncultured Chroococcales Gemella Aeromonas Anaerobiospirillum Novosphingobium Peptostreptococcus anaerobius et rel. Aerococcus Aneurinibacillus Asteroleplasma et rel. Clostridium felsineum et rel. Clostridium thermocellum et rel. Methylobacterium Micrococcaceae

david-barnett/microViz documentation built on April 17, 2025, 4:25 a.m.