In diegogarcilazo/biotools: Tools for Biostatistic datasets developed by DEIS.

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, comment = "")

Visión General

deistools es un paquete que simplifica la realización de tareas habituales de las áreas de bioestadística.

Instalación

install.packages(c('devtools','tidyverse','readxl','stringr')) #Dependencias
devtools::install_github('diegogarcilazo/deistools') #Instalar paquete de github

Funciones de Chequeo

El paquete deistools tiene incorporadas funciones para validar la información de las bases de mortalidad generadas por la DEIS.

El chequeo requiere información individual de las variables edad, codigo de edad, codigo de muerte (CIE10) y sexo. Estas variables son contrastadas con la información suministrada por la PAHO.

* Fuente de información: Se utilizó la información de las tablas sugeridas por http://www.paho.org/hq/index.php?option=com_docman&task=doc_download&gid=23700&Itemid=270&lang=en

Chequeo de Códigos Poco Útiles

Crear instancia

La checkCie10$new(args) crea el objeto de clase checkCie10 que nos permitirá utilizar los métodos de chequeo. La creación del objeto requiere de la indicación de variables obligatorias (edad, unidad de la edad, código de muerte, local de ocurrencia y sexo) y variables que consideremos importantes para la identificación de los registros.

library(deistools)

chequeo <- checkCie10$new(deistools::test_df, edad, unieda, codmuer, sexo, ocloc, id)

Métodos de Códigos poco útiles.

report_useless(): Crea un reporte en la consola con 4 tablas que nos permiten evaluar el peso y la distribución de los códigos poco útiles.

chequeo$report_useless()

list_useless: Genera listas (data.frame) con los registros de códigos poco útiles.

chequeo$list_useless()

Métodos de Códigos de Enfermedades de Notificación Obligatoria (ENOs).

report_enos(): Crea un reporte que nos permiten evaluar la distribución de los códigos correspondientes en a Enfermedades de Notificación Obligatoria (ENOs).

chequeo$report_enos()

list_enos: Lista (data.frame) los certificados con códigos de enfermedades de notificación obligatoria.

chequeo$list_enos()

Métodos para generar listas de errores y warnings.

Las validaciones utilizadas se las divide en 6 indicadores:

Errores (errors) *:

• Asterisco: Son codigos válidos como códigos adicionales pero no se aceptan como causa básica de muerte(CBM).
• No CBD: Código que no es válido como CBM.
• Limitado a un sexo: restricción del código asociado al género.
• Límite de edad: código limitado a un rango de edad.

Alertas (warnings)*:

• Trivial: Son condiciones poco probables como causa de muerte.
• SMD: sospecha de muerte materna.

list_problems: Lista los certificados con problemas (errores y/o warnings)

chequeo$list_problems()

Chequeo de faltantes y desconocidos

report_completeness: Lista los certificados con problemas (errores y/o warnings)

chequeo$report_completeness()

list_unknown: Lista los certificados con problemas (errores y/o warnings)

chequeo$list_unknown()

Listar todo.

list_all: Lista todos los certificados.

chequeo$list_all()

Transformar las variables edad y uniedad en Grupos de Edad.

La función age_codeage() crea una variable de tipo factor ordered con los grupos de edad que utiliza la DEIS al incorporar la edad age y la unidad code_age (1 = Años, 2 = Meses, 3 = días, 4 = horas, 5 = minutos). Las dos variables ingresadas deben ser de tipo numeric.

library(tidyverse) #librería para análisis de datos

test_df2 <- test_df %>% # data.frame
  mutate(grupoEdad = age_codeage(edad, unieda)) # Agrega una nueva variable

test_df2

Función para clasificar por criterios de reducibilidad.

La función reductible() tiene como primer argumento el data.frame con los datos de mortalidad. Como resultado crea tres variables key1, key2, key3 con los criterios de reducibilidad. Las variables requeridas son edad(numeric), uniedad(unidad de medida de la edad), codmuer(codigo de muerte de la CIE-10 con 4 dígitos) y year (año de fallecimiento). También realiza un reporte con el resumen.

diegogarcilazo/biotools documentation built on May 14, 2019, 2:41 p.m.