R/default_antigens.R

In exaexa/panelbuilder: Fluorescent cytometry panel building assistant

defaultAntigens <- c(
'Autofluorescence', 'Beads',

# Some extra antigens extra to the uniprot ones:
'GATA2', 'GATA3', 'Tim3', 'FoxP3', 'Perforin', 'STAT5', 'STAT6', 'Bcl6', 'Pax5', 'Oct2', 'BLIMP1', 'Helios', 'HLA-DR',

# The following data is generated from https://www.uniprot.org/docs/cdlist
#
# Base data can be regenerated with:
#
# curl https://www.uniprot.org/docs/cdlist.txt |grep ^CD |tail -n+2 |cut -b1-8,38-55 |tr ';' ' ' |tr -s ' ' |tr ' ' '\n' |sort |uniq
'1C7', '2B4', '86DA', 'A2MR', 'ABCB1', 'ABCG2', 'ABCP', 'ACE', 'ACKR1', 'ACVRLK3',
'ADAM10', 'ADAM17', 'ADAM8', 'ADCP2', 'ADGRE2', 'AE1', 'AILIM', 'AIRM1', 'AITR', 'ALCAM',
'ALK', 'ANPEP', 'APO2', 'APO2L', 'APRIL', 'APT1', 'ART1', 'ART4', 'ATP1B3', 'B1G1',
'B29', 'B7DC', 'B7H2', 'B7H3', 'BAFF', 'BAFFR', 'BCAM', 'BCM', 'BCM1', 'BDCA2',
'BEK', 'BGP1', 'BLAM2', 'BLR1', 'BMPR1A', 'BMPR1B', 'BONZO', 'BSG', 'BST1', 'BST2',
'BTF5', 'BTLA', 'BTN3A1', 'BY55', 'C1QR1', 'C3BR', 'C3DR', 'C5AR', 'C5AR1', 'C5R1',
'CAK', 'CAML1', 'CCR1', 'CCR2', 'CCR3', 'CCR4', 'CCR5', 'CCR6', 'CCR7', 'CCR8',
'CCR9', 'CD', 'CD10', 'CD100', 'CD101', 'CD102', 'CD103', 'CD104', 'CD105', 'CD106',
'CD107a', 'CD107b', 'CD108', 'CD109', 'CD110', 'CD111', 'CD112', 'CD113', 'CD114', 'CD115',
'CD116', 'CD117', 'CD118', 'CD119', 'CD11a', 'CD11A', 'CD11b', 'CD11B', 'CD11c', 'CD11C',
'CD11d', 'CD11D', 'CD120a', 'CD120b', 'CD121a', 'CD121b', 'CD122', 'CD123', 'CD124', 'CD125',
'CD126', 'CD127', 'CD128', 'CD129', 'CD13', 'CD130', 'CD131', 'CD132', 'CD133', 'CD134',
'CD135', 'CD136', 'CD137', 'CD138', 'CD139', 'CD14', 'CD140a', 'CD140b', 'CD141', 'CD142',
'CD143', 'CD144', 'CD146', 'CD147', 'CD148', 'CD15', 'CD150', 'CD151', 'CD152', 'CD153',
'CD154', 'CD155', 'CD156a', 'CD156b', 'CD156c', 'CD157', 'CD158a', 'CD158b1', 'CD158b2', 'CD158d',
'CD158e', 'CD158f1', 'CD158f2', 'CD158g', 'CD158h', 'CD158i', 'CD158j', 'CD158k', 'CD158z', 'CD159a',
'CD159c', 'CD160', 'CD161', 'CD162', 'CD163', 'CD163b', 'CD163B', 'CD163L1', 'CD164', 'CD165',
'CD166', 'CD167a', 'CD167b', 'CD168', 'CD169', 'CD16a', 'CD16b', 'CD17', 'CD170', 'CD171',
'CD172a', 'CD172b', 'CD172g', 'CD173', 'CD174', 'CD175', 'CD175s', 'CD176', 'CD177', 'CD178',
'CD179a', 'CD179b', 'CD18', 'CD180', 'CD181', 'CD182', 'CD183', 'CD184', 'CD185', 'CD186',
'CD187', 'CD188', 'CD189', 'CD19', 'CD190', 'CD191', 'CD192', 'CD193', 'CD194', 'CD195',
'CD196', 'CD197', 'CD1a', 'CD1A', 'CD1b', 'CD1B', 'CD1c', 'CD1C', 'CD1d', 'CD1D',
'CD1e', 'CD1E', 'CD2', 'CD20', 'CD200', 'CD201', 'CD202b', 'CD203a', 'CD203c', 'CD204',
'CD205', 'CD206', 'CD207', 'CD208', 'CD209', 'CD209L', 'CD21', 'CD210', 'CD211', 'CD212',
'CD213a1', 'CD213a2', 'CD214', 'CD215', 'CD216', 'CD217', 'CD218a', 'CD218b', 'CD219', 'CD22',
'CD220', 'CD221', 'CD222', 'CD223', 'CD224', 'CD225', 'CD226', 'CD227', 'CD228', 'CD229',
'CD23', 'CD230', 'CD231', 'CD232', 'CD233', 'CD234', 'CD235a', 'CD235b', 'CD236', 'CD237',
'CD238', 'CD239', 'CD24', 'CD240CE', 'CD240D', 'CD241', 'CD242', 'CD243', 'CD244', 'CD245',
'CD246', 'CD247', 'CD248', 'CD249', 'CD25', 'CD250', 'CD251', 'CD252', 'CD253', 'CD254',
'CD255', 'CD256', 'CD257', 'CD258', 'CD259', 'CD26', 'CD260', 'CD261', 'CD262', 'CD263',
'CD264', 'CD265', 'CD266', 'CD267', 'CD268', 'CD269', 'CD27', 'CD270', 'CD271', 'CD272',
'CD273', 'CD274', 'CD275', 'CD276', 'CD277', 'CD278', 'CD279', 'CD27L', 'CD28', 'CD280',
'CD281', 'CD282', 'CD283', 'CD284', 'CD285', 'CD286', 'CD287', 'CD288', 'CD289', 'CD28LG1',
'CD28LG2', 'CD29', 'CD290', 'CD291', 'CD292', 'CD294', 'CD295', 'CD296', 'CD297', 'CD298',
'CD299', 'CD30', 'CD300a', 'CD300A', 'CD300b', 'CD300B', 'CD300c', 'CD300C', 'CD300d', 'CD300e',
'CD300E', 'CD300f', 'CD300g', 'CD300LB', 'CD300LD', 'CD300LE', 'CD300LF', 'CD300LG', 'CD301', 'CD302',
'CD303', 'CD304', 'CD305', 'CD306', 'CD307a', 'CD307b', 'CD307c', 'CD307d', 'CD307e', 'CD308',
'CD309', 'CD30L', 'CD31', 'CD310', 'CD311', 'CD312', 'CD313', 'CD314', 'CD315', 'CD316',
'CD317', 'CD318', 'CD319', 'CD32', 'CD320', 'CD321', 'CD322', 'CD323', 'CD324', 'CD325',
'CD326', 'CD327', 'CD328', 'CD329', 'CD33', 'CD330', 'CD331', 'CD332', 'CD333', 'CD334',
'CD335', 'CD336', 'CD337', 'CD338', 'CD339', 'CD33L1', 'CD34', 'CD340', 'CD341', 'CD342',
'CD343', 'CD344', 'CD345', 'CD346', 'CD347', 'CD348', 'CD349', 'CD35', 'CD350', 'CD351',
'CD352', 'CD353', 'CD354', 'CD355', 'CD356', 'CD357', 'CD358', 'CD359', 'CD36', 'CD360',
'CD361', 'CD362', 'CD363', 'CD364', 'CD365', 'CD366', 'CD367', 'CD368', 'CD369', 'CD37',
'CD370', 'CD371', 'CD38', 'CD39', 'CD3d', 'CD3D', 'CD3e', 'CD3E', 'CD3g', 'CD3G',
'CD3Z', 'CD4', 'CD40', 'CD40LG', 'CD41', 'CD42a', 'CD42b', 'CD42c', 'CD42d', 'CD43',
'CD44', 'CD45', 'CD46', 'CD47', 'CD48', 'CD49a', 'CD49b', 'CD49c', 'CD49d', 'CD49e',
'CD49f', 'CD5', 'CD50', 'CD51', 'CD52', 'CD53', 'CD54', 'CD55', 'CD56', 'CD57',
'CD58', 'CD59', 'CD6', 'CD60a', 'CD60b', 'CD60c', 'CD61', 'CD62E', 'CD62L', 'CD62P',
'CD63', 'CD64', 'CD65', 'CD66a', 'CD66b', 'CD66c', 'CD66d', 'CD66e', 'CD66f', 'CD67',
'CD68', 'CD69', 'CD7', 'CD70', 'CD71', 'CD72', 'CD73', 'CD74', 'CD75', 'CD75s',
'CD76', 'CD77', 'CD78', 'CD79a', 'CD79A', 'CD79b', 'CD79B', 'CD80', 'CD81', 'CD81P3',
'CD82', 'CD83', 'CD84', 'CD85a', 'CD85c', 'CD85d', 'CD85e', 'CD85f', 'CD85g', 'CD85h',
'CD85i', 'CD85j', 'CD85k', 'CD86', 'CD87', 'CD88', 'CD89', 'CD8a', 'CD8A', 'CD8b',
'CD8B1', 'CD9', 'CD90', 'CD91', 'CD92', 'CD93', 'CD94', 'CD95', 'CD96', 'CD97',
'CD98', 'CD99', 'CD9P1', 'CDCP1', 'CDH1', 'CDH2', 'CDH5', 'CDHE', 'CDHN', 'CDw12',
'CDw145', 'CDw149', 'CDw198', 'CDw199', 'CDw210b', 'CDw293', 'CDW52', 'CEA', 'CEACAM1', 'CEACAM3',
'CEACAM5', 'CEACAM6', 'CEACAM8', 'CGM1', 'CGM6', 'CHEDG1', 'CKRL1', 'CLEC10A', 'CLEC12A', 'CLEC13A',
'CLEC4A', 'CLEC4C', 'CLEC4D', 'CLEC4K', 'CLEC4M', 'CLEC5B', 'CLEC7A', 'CLEC9A', 'CLECSF12', 'CLECSF14',
'CLECSF6', 'CLECSF8', 'CLL1', 'CLM9', 'CMKBR1', 'CMKBR2', 'CMKBR3', 'CMKBR4', 'CMKBR5', 'CMKBR6',
'CMKBR7', 'CMKBR9', 'CMRF35A1', 'CMRF35A4', 'CMRF35H', 'CR1', 'CR2', 'CRFB4', 'CRISP9', 'CRTAM',
'CRTH2', 'CS1', 'CSF1R', 'CSF2R', 'CSF2RA', 'CSF2RB', 'CSF3R', 'CTL1', 'CTLA4', 'CXCR1',
'CXCR2', 'CXCR3', 'CXCR4', 'CXCR5', 'CXCR6', 'DAF', 'DARC', 'DB', 'DCLAMP', 'DCP1',
'DCR1', 'DCR2', 'DDR1', 'DDR2', 'DEP1', 'DHLAG', 'DNAM1', 'DO', 'DOK1', 'DPP4',
'DR5', 'DR6', 'EDDR1', 'ELAM1', 'EMR2', 'END', 'ENDO180', 'ENG', 'ENNP3', 'ENPEP',
'ENPP1', 'ENTPD1', 'EPCAM', 'EPCR', 'EPN', 'ERBB2', 'EVDB', 'EVI2B', 'F11R', 'F3',
'FASLG', 'FCAMR', 'FCAR', 'FCER2', 'FCG1', 'FCG3', 'FCGR1A', 'FCGR2A', 'FCGR3A', 'FCGR3B',
'FCRL1', 'FCRL2', 'FCRL3', 'FCRL4', 'FCRL5', 'FDC', 'FGFBR', 'FGFR1', 'FGFR2', 'FGFR3',
'FGFR4', 'FLK1', 'FLT3', 'FMS', 'FN14', 'FNRA', 'FNRB', 'FZD10', 'FZD4', 'FZD9',
'GCSFR', 'Gene', 'GGT', 'GGT1', 'GMRP', 'GP1BA', 'GP1BB', 'GP2B', 'GP3A', 'GP3B',
'GP5', 'GP9', 'GPA', 'GPB', 'GPC', 'GPD', 'GPR9', 'GYPA', 'GYPB', 'GYPC',
'HAVCR1', 'HAVCR2', 'HER2', 'HMMR', 'HSPG1', 'HVEA', 'HVEML', 'ICAM1', 'ICAM2', 'ICAM3',
'ICAM4', 'ICOS', 'ICOSLG', 'IFI17', 'IFITM1', 'IFNGR1', 'IGA', 'IGB', 'IGEBF', 'IGF1R',
'IGF2R', 'IGL1', 'IGLL1', 'IGSF13', 'IGSF2', 'IGSF8', 'IL10R', 'IL10RA', 'IL10RB', 'IL12RB',
'IL12RB1', 'IL13R', 'IL13RA', 'IL13RA1', 'IL13RA2', 'IL15RA', 'IL17R', 'IL17RA', 'IL18R1', 'IL18RAP',
'IL1R1', 'IL1R2', 'IL1RA', 'IL1RB', 'IL1RRP', 'IL21R', 'IL2RA', 'IL2RB', 'IL2RG', 'IL3RA',
'IL4R', 'IL5R', 'IL5RA', 'IL5RN', 'IL6R', 'IL6ST', 'IL7R', 'IL8RA', 'IL8RB', 'IL9R',
'ILA', 'ILT7', 'INSR', 'IRTA1', 'IRTA2', 'IRTA3', 'IRTA4', 'IRTA5', 'ITGA1', 'ITGA2',
'ITGA3', 'ITGA4', 'ITGA5', 'ITGA6', 'ITGAB', 'ITGAD', 'ITGAE', 'ITGAL', 'ITGAM', 'ITGAV',
'ITGAX', 'ITGB1', 'ITGB2', 'ITGB3', 'ITGB4', 'JAG1', 'JAGL1', 'JAM1', 'JAM2', 'JCAM',
'JTK2', 'JTK4', 'KAI1', 'KALI', 'KDR', 'KEL', 'KIM1', 'KIR2DL1', 'KIR2DL2', 'KIR2DL3',
'KIR2DL4', 'KIR2DL5A', 'KIR2DL5B', 'KIR2DS1', 'KIR2DS2', 'KIR2DS4', 'KIR2DS5', 'KIR3DL1', 'KIR3DL2', 'KIR3DL3',
'KIRC1', 'KIT', 'KLRB1', 'KLRC1', 'KLRC2', 'KLRD1', 'KLRK1', 'L1CAM', 'LAG3', 'LAIR1',
'LAIR2', 'LAMP1', 'LAMP2', 'LAMP3', 'LEPR', 'LFA3', 'LHR', 'LIFR', 'LILRA1', 'LILRA2',
'LILRA3', 'LILRA4', 'LILRA5', 'LILRB1', 'LILRB2', 'LILRB3', 'LILRB4', 'LILRB5', 'LIR1', 'LIR2',
'LIR3', 'LIR4', 'LIR5', 'LIR6', 'LIR7', 'LIR8', 'LIR9', 'LRP1', 'LU', 'LW',
'LY64', 'LY75', 'LY9', 'LY94', 'LY95', 'LYAM1', 'M130', 'MADM', 'MAL', 'MAP97',
'MB1', 'MCAM', 'MCP', 'MDU1', 'MEMD', 'MFI2', 'MIC2', 'MIC3', 'MLA1', 'MME',
'MOX2', 'MOX44', 'MPL', 'MPRI', 'MRC1', 'MRC2', 'MS2', 'MS4A1', 'MSK19', 'MSR1',
'MST1R', 'MUC1', 'MUC18', 'N.A.', 'NB1', 'NCA', 'NCAM', 'NCAM1', 'NCR1', 'NCR2',
'NCR3', 'NEU', 'NGFR', 'NILR', 'NKAT1', 'NKAT2', 'NKAT3', 'NKAT4', 'NKAT5', 'NKAT6',
'NKAT8', 'NKAT9', 'NKG2A', 'NKG2C', 'NKG2D', 'NRP', 'NRP1', 'NT5', 'NT5E', 'NTE',
'NTRKR3', 'OBBP2', 'OBR', 'OPGL', 'PD1', 'PDCD1', 'PDCD1LG1', 'PDCD1LG2', 'PDGFRA', 'PDGFRB',
'PDNP1', 'PDNP3', 'PECAM1', 'PEPN', 'PGY1', 'PI16', 'PLAUR', 'PLXNC1', 'PRNP', 'PROCR',
'PROM1', 'PROML1', 'PRR1', 'PRR2', 'PRR3', 'PRV1', 'PSG1', 'PTGDR2', 'PTGFRN', 'PTPNS1',
'PTPRC', 'PTPRJ', 'PVR', 'PVRL1', 'PVRL2', 'PVRL3', 'PVS', 'RANK', 'RH50', 'RHAG',
'RHAMM', 'RHC', 'RHCE', 'RHD', 'RHE', 'RON', 'S1PR1', 'SAF2', 'SAR2', 'SCARA1',
'SDC', 'SDC1', 'SDC2', 'SELE', 'SELL', 'SELP', 'SELPLG', 'SEMA4D', 'SEMA7A', 'SEMAL',
'SHPS1', 'SIGLEC1', 'SIGLEC2', 'SIGLEC3', 'SIGLEC5', 'SIGLEC6', 'SIGLEC7', 'SIGLEC8', 'SIRPB1', 'SIRPB2',
'SIRPG', 'SLAM', 'SLAMF1', 'SLAMF5', 'SLAMF6', 'SLAMF7', 'SLAMF8', 'SLC3A2', 'SLC44A1', 'SLC4A1',
'SN', 'SPN', 'STK1', 'T3D', 'T3E', 'T3G', 'T3Z', 'TACE', 'TACI', 'TACSTD1',
'TAPA1', 'TEK', 'TEM1', 'TFRC', 'THBD', 'THRM', 'THY1', 'TIE2', 'TIL4', 'TIM3',
'TLR1', 'TLR10', 'TLR2', 'TLR3', 'TLR4', 'TLR6', 'TLR8', 'TLR9', 'TM4SF2', 'TNFR1',
'TNFR2', 'TNFRSF10A', 'TNFRSF10B', 'TNFRSF10C', 'TNFRSF10D', 'TNFRSF11A', 'TNFRSF12A', 'TNFRSF13B', 'TNFRSF13C', 'TNFRSF14',
'TNFRSF16', 'TNFRSF17', 'TNFRSF18', 'TNFRSF1A', 'TNFRSF1B', 'TNFRSF21', 'TNFRSF4', 'TNFRSF5', 'TNFRSF6', 'TNFRSF7',
'TNFRSF8', 'TNFRSF9', 'TNFSF10', 'TNFSF11', 'TNFSF13', 'TNFSF13B', 'TNFSF14', 'TNFSF4', 'TNFSF5', 'TNFSF6',
'TNFSF8', 'TPOR', 'TPSAN7', 'TRASK', 'TREM1', 'TSPAN24', 'TSPAN26', 'TXGP1', 'TXGP1L', 'UPAR',
'VCAM1', 'VEJAM', 'VESPR', 'VNRA', 'VPREB', 'VPREB1'
)