In folkehelseinstituttet/dashboards_noispiah: Prevalensundersokelser av helsetjenesteassosierte infeksjoner og antibiotikabruk, NOIS-PIAH

suppressMessages(suppressPackageStartupMessages(fd::initialize("noispiah")))

knitr::opts_chunk$set(fig.width = 7.25, fig.height = 6)

####################################
argset_pdf <- params$argset_pdf
# argset_pdf <- plan_pdf$analysis_get(1)$argset_pdf
####################################

level <- argset_pdf$level
location <- argset_pdf$location
fylke <- argset_pdf$fylke
DATE_USE <- argset_pdf$DATE_USE

suppressMessages(library(data.table))
suppressMessages(library(ggplot2))

da <- readxl::read_excel(fd::path("data_raw", "AntibiotikadataPrimer.xlsx"))
di <- readxl::read_excel(fd::path("data_raw", "InfeksjonsdataPrimer.xlsx"))

setDT(da)
setDT(di)

da <- clean_da(da, type = "sykehjem")
clean_di(di, type = "sykehjem")

plan <- plnr::Plan$new(argset_name = "arg")
plan$add_data(direct = da, name = "da_all")
plan$add_data(direct = di, name = "di_all")

da_all <- copy(da)
di_all <- copy(di)

if (argset_pdf$level == "landsdekkende") {

} else if (argset_pdf$level == "fylke") {
  da <- da[Fylke == argset_pdf$location]
  di <- di[Fylke == argset_pdf$location]
} else if (argset_pdf$level == "kommune") {
  da <- da[Kommune == argset_pdf$location & Fylke == argset_pdf$fylke]
  di <- di[Kommune == argset_pdf$location & Fylke == argset_pdf$fylke]
}

plan$add_data(direct = da, name = "da")
plan$add_data(direct = di, name = "di")

plan$add_analysis(
  fn = Table_DeltagelseForekomstHAIogABiSykehjem,
  name = "sykehjem_tab1",
  level = argset_pdf$level,
  DATE_USE = argset_pdf$DATE_USE,
  type = "sykehjem",
  da_unique_structure_vars = c(
    "InstitusjonId",
    "Avdelingstype",
    "Avdeling"
  ),
  varGrouping = dplyr::case_when(
    argset_pdf$level == "landsdekkende" ~ "Fylke",
    argset_pdf$level == "fylke" ~ "Kommune",
    argset_pdf$level == "kommune" ~ "Institusjon"
  ),
  peopleLabel = "beboere"
)

plan$add_analysis(
  fn = Figure_ForekomstHAIiSykehjemPerAvdelingstype,
  name = "sykehjem_fig1",
  level = argset_pdf$level,
  DATE_USE = argset_pdf$DATE_USE
)

plan$add_analysis(
  fn = Figure_ForskrivningerAvAntibiotikaTilForebyggingOgBehandlingPerIndikasjon,
  name = "sykehjem_fig2",
  level = argset_pdf$level,
  DATE_USE = argset_pdf$DATE_USE,
  ab = "forebyggVsBehandOgMethVsAndre",
  group1 = "IndikasjonCategory",
  group2 = "forebyggVsBehandOgMethVsAndre"
)

plan$add_analysis(
  fn = Figure_ForskrivningerAvAntibiotikaPerIndikasjon,
  name = "sykehjem_fig3",
  level = argset_pdf$level,
  DATE_USE = argset_pdf$DATE_USE,
  indikasjon = "Nedre urinveisinfeksjon",
  display_name = "Nedre urinveisinfeksjon",
  with_metenamin = T
)

plan$add_analysis(
  fn = Figure_ForskrivningerAvAntibiotikaPerIndikasjon,
  name = "sykehjem_fig4",
  level = argset_pdf$level,
  DATE_USE = argset_pdf$DATE_USE,
  indikasjon = "Nedre luftveisinfeksjon",
  display_name = "Nedre luftveisinfeksjon",
  with_metenamin = F
)

plan$add_analysis(
  fn = Figure_ForskrivningerAvAntibiotikaPerIndikasjon,
  name = "sykehjem_fig5",
  level = argset_pdf$level,
  DATE_USE = argset_pdf$DATE_USE,
  indikasjon = "Hud- og bløtdelsinfeksjon, ekskl. postoperativ sårinfeksjon",
  display_name = "Hud- og bløtdelsinfeksjon",
  with_metenamin = F
)

\newpage

Sykehjem

I denne rapporten finner du resultater fra prevalensundersøkelsen som består av to deler, én om helsetjenesteassosierte infeksjoner og én om antibiotikabruk. I antibiotikadelen skal all systemisk bruk av antibiotika (inkludert antiseptikumet metenamin) og antimykotika til forebygging og behandling registreres, mens følgende helsetjenesteassosierte infeksjoner skal registreres i infeksjonsdelen: urinveisinfeksjoner, nedre luftveisinfeksjoner, infeksjoner i operasjonsområder og blodbaneinfeksjoner.

Hvis antall beboere eller forskrivninger av antibiotika er lavt, må resultatene tolkes med varsomhet, da tilfeldige variasjoner kan gi store utslag.

Det er viktig at hvert sykehjem vurderer forekomsten av helsetjenesteassosierte infeksjoner i egen institusjon, og behovet for å endre eller iverksette tiltak for å forebygge slike infeksjoner. Det enkelte sykehjem bør også vurdere om deres bruk av antibiotika er i tråd med Nasjonal faglig retningslinje for antibiotikabruk i primærhelsetjenesten.

I overensstemmelse med Helse- og omsorgsdepartementets handlingsplan mot antibiotikaresistens i helsetjenesten, er penicillin med enzymhemmer, 2. og 3. generasjons cefalosporiner, kinoloner og karbapenemer definert som bredspektrede antibiotika i rapporten.

\newpage

Sykehjem: deltagelse, forekomst av helsetjenesteassosierte infeksjoner og bruk av antibiotika

I henhold til NOIS-registerforskriften er det obligatorisk for sykehjem å registrere både helsetjenesteassosierte infeksjoner og antibiotikabruk. Ved uoverensstemmelse mellom antall sykehjem i infeksjons- og antibiotikadelen av undersøkelsen (tabell 1), har et eller flere sykehjem kun levert resultater fra én av de to delundersøkelsene.

I antibiotikadelen av undersøkelsen skal antall beboere som fikk minst ett antibiotikum registreres. I tillegg skal forskrivning per beboer spesifiseres med hensyn til hvilke antibiotika (ett eller flere) som ble gitt og hvordan de ble administrert, samt alder og kjønn på beboeren. Hvis et eller flere sykehjem kun registrerer antall beboere som fikk antibiotika - og unnlater å registrere forskrivning per beboer - vil prevalens av antibiotikaforskrivning bli lavere enn andel beboere som fikk minst ett antibiotikum (tabell 1).

Én beboer kan på undersøkelsesdagen få flere antibiotika og ha flere typer helsetjenesteassosierte infeksjoner. Følgelig kan prevalens av antibiotikaforskrivning og helsetjenesteassosierte infeksjoner være høyere enn henholdsvis andel beboere som fikk antibiotika og andel beboere med helsetjenesteassosierte infeksjoner (tabell 1).

\begin{landscape}

plan$run_one("sykehjem_tab1")
# Table_DeltagelseForekomstHAIogABiSykehjem(di=di,da=da,level=level,DATE_USE=DATE_USE,type="sykehjem")

\end{landscape}

\newpage

Prevalens av helsetjenesteassosierte infeksjoner blant beboere i sykehjem per avdelingstype

Figur 1 viser prevalens av helsetjenesteassosierte infeksjoner blant beboere i sykehjem, samlet og per avdelingstype. Resultatene kan brukes til å endre eller iverksette målrettede tiltak for forebygging av helsetjenesteassosierte infeksjoner i sykehjem.

```rPrevalens av helsetjenesteassosierte infeksjoner blant beboere i sykehjem per avdelingstype'} plan$run_one("sykehjem_fig1")

Figure_ForekomstHAIiSykehjemPerAvdelingstype(di=di,da=da,DATE_USE=DATE_USE)

\newpage

# Antibiotika til forebygging og behandling, per indikasjon

Figur 2 viser bruk av antibiotika i sykehjem per indikasjon. Andel forskrivninger av antibiotika (inkludert antiseptikumet metenamin) til forebygging og behandling er spesifisert.  Metenamin (Hiprex) er i Nasjonal faglig retningslinje for antibiotikabruk i primærhelsetjenesten, kun anbefalt til forebygging av urinveisinfeksjoner.

\begin{landscape}

```rAndel forskrivninger av antibiotika til forebygging og behandling i sykehjem, per indikasjon'}
q <- plan$run_one("sykehjem_fig2")
# q <- Figure_ForskrivningerAvAntibiotikaTilForebyggingOgBehandlingPerIndikasjon(di=di,da=da,DATE_USE=DATE_USE)
f <- sprintf("%s.png", tempfile())
ggsave(f, plot = q, width = 297 * 0.75, height = 210 * 0.75, units = "mm")

\begin{figure} \begin{center} \includegraphics{r f} \caption{\label{fig:figs2}Andel forskrivninger av antibiotika til forebygging og behandling i sykehjem, per indikasjon} \end{center} \end{figure}

\end{landscape}

\newpage

Forskrivning av antibiotika til behandling av nedre urinveisinfeksjoner

Ved hjelp av Nasjonal faglig retningslinje for bruk av antibiotika i primærhelsetjenesten kan du vurdere om bruken av antibiotika til behandling av nedre urinveisinfeksjoner vist i figur 3, er i tråd med retningslinjen. Forskrivning er ikke vist per kjønn, siden anbefalingene for kvinner og menn i sykehjem er de samme med unntak av behandlingstid. Bruken av bredspektrede antibiotika er spesifisert i figuren.

Figur 3 viser kun forskrivning til behandling, mens metenamin (Hiprex) i retningslinjen kun er anbefalt til forebygging av urinveisinfeksjoner. Følgelig vil bruk av metenamin vist i figur 3, indikere feilbruk og/eller feilregistrering.

```rForskrivning av antibiotika (virkestoff) til behandling av nedre urinveisinfeksjoner'} plan$run_one("sykehjem_fig3")

Figure_ForskrivningerAvAntibiotikaPerIndikasjon(di=di,da=da,DATE_USE=DATE_USE,indikasjon="Nedre urinveisinfeksjon")

\newpage

# Forskrivning av antibiotika til behandling av nedre luftveisinfeksjoner

Ved hjelp av Nasjonal faglig retningslinje for bruk av antibiotika i primærhelsetjenesten kan du vurdere om bruken av antibiotika til behandling av nedre luftveisinfeksjoner vist i figur 4, er i tråd med retningslinjen. Bruken av bredspektrede antibiotika er spesifisert i figuren.

```rForskrivning av antibiotika (virkestoff) til behandling av nedre luftveisinfeksjoner'}
plan$run_one("sykehjem_fig4")
#Figure_ForskrivningerAvAntibiotikaPerIndikasjon(di = di, da = da, DATE_USE = DATE_USE, indikasjon = "Nedre luftveisinfeksjon", with_metenamin = F)

\newpage

Forskrivning av antibiotika til behandling av hud- og bløtdelsinfeksjoner

Ved hjelp av Nasjonal faglig retningslinje for bruk av antibiotika i primærhelsetjenesten kan du vurdere om bruken av antibiotika til behandling av hud- og bløtdelsinfeksjoner vist i figur 5, er i tråd med retningslinjen. Bruken av bredspektrede antibiotika er spesifisert i figuren.

```rForskrivning av antibiotika (virkestoff) til behandling av hud- og bløtdelsinfeksjoner, ekskl. postoperative sårinfeksjoner'} plan$run_one("sykehjem_fig5")

Figure_ForskrivningerAvAntibiotikaPerIndikasjon(

di = di,

da = da,

DATE_USE = DATE_USE,

indikasjon = "Hud- og bløtdelsinfeksjon, ekskl. postoperativ sårinfeksjon",

display_name = "Hud- og bløtdelsinfeksjon",

with_metenamin = F

)

```

folkehelseinstituttet/dashboards_noispiah documentation built on Jan. 25, 2020, 11:53 p.m.