R/CleanDI.R

In folkehelseinstituttet/dashboards_noispiah: Prevalensundersokelser av helsetjenesteassosierte infeksjoner og antibiotikabruk, NOIS-PIAH

#' CleanDI
#' @param di a
#' @param type a
#' @export
clean_di <- function(di, type = "sykehjem") {
  di[, PrevalensDato := as.Date(PrevalensDato)]
  if (type == "sykehjem") {
    di[, NumberPeople := AntallBeboereKl8]
    di[, NumberPeopleMedInfeksjon := AntallBeboereMedInfeksjon]

    di[, antallInfeksjonerHAI := AntallUrinveisInfeksjonerUtenUrinveiskateter_EgenInstitusjon +
      AntallUrinveisInfeksjonerUtenUrinveiskateter_AnnetSykehus +
      AntallUrinveisInfeksjonerUtenUrinveiskateter_AnnetSykehjem +
      AntallUrinveisInfeksjonerMedUrinveiskateter_EgenInstitusjon +
      AntallUrinveisInfeksjonerMedUrinveiskateter_AnnetSykehus +
      AntallUrinveisInfeksjonerMedUrinveiskateter_AnnetSykehjem +
      AntallNedreLuftveisInfeksjoner_EgenInstitusjon +
      AntallNedreLuftveisInfeksjoner_AnnetSykehus +
      AntallNedreLuftveisInfeksjoner_AnnetSykehjem +
      AntallOverflatiskePostOpSarinfeksjoner_EgenInstitusjon +
      AntallOverflatiskePostOpSarinfeksjoner_AnnetSykehus +
      AntallOverflatiskePostOpSarinfeksjoner_AnnetSykehjem +
      AntallDypePostOpSarinfeksjoner_EgenInstitusjon +
      AntallDypePostOpSarinfeksjoner_AnnetSykehus +
      AntallDypePostOpSarinfeksjoner_AnnetSykehjem +
      AntallHudInfeksjoner_EgenInstitusjon +
      AntallHudInfeksjoner_AnnetSykehus +
      AntallHudInfeksjoner_AnnetSykehjem]
  } else {
    di[, NumberPeople := AntallPasienterKl8]
    di[, NumberPeopleMedInfeksjon := AntallPasienterMedInfeksjon]

    di[, antallInfeksjonerHAI :=
      AntallUrinveisInfeksjoner_EgenInstitusjon +
      AntallUrinveisInfeksjoner_AnnetSykehus +
      AntallUrinveisInfeksjoner_AnnetSykehjem +
      AntallNedreLuftveisInfeksjoner_EgenInstitusjon +
      AntallNedreLuftveisInfeksjoner_AnnetSykehus +
      AntallNedreLuftveisInfeksjoner_AnnetSykehjem +
      AntallOverflatiskePostOpSarinfeksjoner_EgenInstitusjon +
      AntallOverflatiskePostOpSarinfeksjoner_AnnetSykehus +
      AntallOverflatiskePostOpSarinfeksjoner_AnnetSykehjem +
      AntallDypePostOpSarinfeksjoner_EgenInstitusjon +
      AntallDypePostOpSarinfeksjoner_AnnetSykehus +
      AntallDypePostOpSarinfeksjoner_AnnetSykehjem +
      AntallPostOpInfeksjonerIndreOrganHulrom_EgenInstitusjon +
      AntallPostOpInfeksjonerIndreOrganHulrom_AnnetSykehus +
      AntallPostOpInfeksjonerIndreOrganHulrom_AnnetSykehjem +
      AntallPrimareBlodbaneinfeksjoner_EgenInstitusjon +
      AntallPrimareBlodbaneinfeksjoner_AnnetSykehus +
      AntallPrimareBlodbaneinfeksjoner_AnnetSykehjem +
      AntallSekundareBlodbaneinfeksjoner_EgenInstitusjon +
      AntallSekundareBlodbaneinfeksjoner_AnnetSykehus +
      AntallSekundareBlodbaneinfeksjoner_AnnetSykehjem       ]

    di[, antallInfeksjonerHAIIperasjonsOmradet :=
      AntallOverflatiskePostOpSarinfeksjoner_EgenInstitusjon +
      AntallOverflatiskePostOpSarinfeksjoner_AnnetSykehus +
      AntallOverflatiskePostOpSarinfeksjoner_AnnetSykehjem +
      AntallDypePostOpSarinfeksjoner_EgenInstitusjon +
      AntallDypePostOpSarinfeksjoner_AnnetSykehus +
      AntallDypePostOpSarinfeksjoner_AnnetSykehjem +
      AntallPostOpInfeksjonerIndreOrganHulrom_EgenInstitusjon +
      AntallPostOpInfeksjonerIndreOrganHulrom_AnnetSykehus +
      AntallPostOpInfeksjonerIndreOrganHulrom_AnnetSykehjem]

    di[, antallInfeksjonerHAIUrinveis :=
      AntallUrinveisInfeksjoner_EgenInstitusjon +
      AntallUrinveisInfeksjoner_AnnetSykehus +
      AntallUrinveisInfeksjoner_AnnetSykehjem]

    di[, antallInfeksjonerHAINedreLuftveis :=
      AntallNedreLuftveisInfeksjoner_EgenInstitusjon +
      AntallNedreLuftveisInfeksjoner_AnnetSykehus +
      AntallNedreLuftveisInfeksjoner_AnnetSykehjem]

    di[, antallInfeksjonerHAIBlodbane :=
      AntallPrimareBlodbaneinfeksjoner_EgenInstitusjon +
      AntallPrimareBlodbaneinfeksjoner_AnnetSykehus +
      AntallPrimareBlodbaneinfeksjoner_AnnetSykehjem +
      AntallSekundareBlodbaneinfeksjoner_EgenInstitusjon +
      AntallSekundareBlodbaneinfeksjoner_AnnetSykehus +
      AntallSekundareBlodbaneinfeksjoner_AnnetSykehjem]

    CleanSpesialitet(di)
  }
}