inst/mboost_Bioinf.R

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### chunk number 1: setup
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options(width = 50)
require("mboost")
require("Biobase")
### West et al data: binary classification
data("Westbc", package = "mboost")

westbc <- new("ExpressionSet", 
              phenoData = new("AnnotatedDataFrame", data = Westbc$pheno),
              assayData = assayDataNew(exprs = Westbc$assay))

if (!require("kidpack")) {
    install.packages("kidpack", repos = "http://bioconductor.org/packages/monograph")
    require("kidpack")
}
library("survival")
data("westbc", package = "mboost")
data("eset", package = "kidpack")
remove <- is.na(pData(phenoData(eset))$survival.time)
eset <- eset[,!remove]
library("party")


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### chunk number 2: west-datapp
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x <- exprs(westbc)
x <- t(x - rowMeans(x))
y <- pData(westbc)$nodal.y


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### chunk number 3: west-logistic
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westglm <- glmboost(x, y, family = Binomial(), control = boost_control(mstop = 500))


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### chunk number 4: west-AIC
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plot(westAIC <- AIC(westglm, "classical"))


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### chunk number 5: west-prune
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westglm <- westglm[mstop(westAIC)]


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### chunk number 6: west-coef eval=FALSE
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## coef(westglm)


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### chunk number 7: west-table
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table(y, predict(westglm, type = "response"))


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### chunk number 8: kidpack-datapp
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x <- exprs(eset)
x <- t(x - rowMeans(x))
y <- Surv(eset$survival.time, eset$died)


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### chunk number 9: kidpack-Cox
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kidpackCox <- glmboost(x, y, family = CoxPH())


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### chunk number 10: kidpack-varsel
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sum(abs(coef(kidpackCox)) > 0)


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### chunk number 11: kidpack-predict eval=FALSE
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## predict(kidpackCox, type = "lp")


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### chunk number 12: coxgam eval=FALSE
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## gamboost(x, y, family = CoxPH())


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### chunk number 13: vignette eval=FALSE
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## system.file("mboost_Bioinf.R", package = "mboost")
hofnerb/mboost documentation built on Nov. 13, 2019, 6:05 a.m.