inst/doc/Coxnet.R

In jeffwong/glmnet: Lasso and elastic-net regularized generalized linear models

### R code from vignette source 'Coxnet.rnw'

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### code chunk number 1: Coxnet.rnw:30-34
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library("glmnet")
library("survival")
load("VignetteExample.rdata")
attach(patient.data)


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### code chunk number 2: Coxnet.rnw:44-46
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cv.fit <- cv.glmnet(x, Surv(time, status), family="cox", maxit = 1000)
fit <- glmnet(x, Surv(time,status), family =  "cox", maxit = 1000)


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### code chunk number 3: Coxnet.rnw:56-57
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plot(cv.fit)


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### code chunk number 4: Coxnet.rnw:60-61
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cv.fit$lambda.min


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### code chunk number 5: Coxnet.rnw:74-77
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Coefficients <- coef(fit, s = cv.fit$lambda.min)
Active.Index <- which(Coefficients != 0)
Active.Coefficients  <- Coefficients[Active.Index]


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### code chunk number 6: Coxnet.rnw:82-84
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Active.Index
Active.Coefficients