R/gg_temp.R

In jvixbo/atlaspoissonapp: Fonctions permettant la création de l'Atlas

#' Création de graphiques à partir d'un dataframe
#'
#' @param data dataframe contenant les données à visualiser
#' @param var_x colonne du dataframe à visualiser sur l'axe x
#' @param var_y colonne du dataframe à visualiser sur l'axe y
#'
#' @return Un graphique ggplot en points et ligne avec une courbe de tendance uniquement
#' lorsqu'elle est significative
#' @export
#'
#' @importFrom ggplot2 aes coord_cartesian geom_line geom_point ggplot
#' @importFrom dplyr enquo
#'
#' @examples
#' \dontrun{g1 <- gg_temp(data = pt_data, var_y = abondance)}

gg_temp <- function(data, var_x, var_y) {

  var_x <- enquo(var_x) # Pour que R sache que var_x fait partie de data
  var_y <- enquo(var_y) # Pour que R sache que var_y fait partie de data

  g <- ggplot(data, aes(!!var_x,!!var_y)) +
    geom_point() +
    geom_line() +
    coord_cartesian(ylim = c(0, NA))

  # Regression linéaire

  if (nrow(data) > 2) # bug si moins de 2 données
  {
    y <- data %>%
      pull(!!var_y) # Sinon erreur "object is not a matrix"

    x <- data %>%
      pull(!!var_x) # Sinon erreur "object is not a matrix"

    regression <- lm(y ~ x) %>%
      summary()

    pvalue <- regression$coefficients[2, 4] # Extraire pvalue


    # Test
    if (pvalue < 0.05) {
      g <- g +
        geom_smooth(se = FALSE, method = "lm")
    }
  }

  g


}