### R code from vignette source 'BoolFilter.Rnw'
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### code chunk number 1: BoolFilter.Rnw:216-217
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library('BoolFilter')
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### code chunk number 2: BoolFilter.Rnw:249-250 (eval = FALSE)
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## p53net <- loadNetwork('p53.txt')
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### code chunk number 3: BoolFilter.Rnw:256-258 (eval = FALSE)
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## data(p53net_DNAdsb1) #DNA_dsb is ON
## data(p53net_DNAdsb0) #DNA_dsb is OFF
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### code chunk number 4: BoolFilter.Rnw:279-282 (eval = FALSE)
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## data <- simulateNetwork(p53net_DNAdsb1, n.data = 100, p = .02,
## obsModel = list(type = 'Bernoulli',
## q = 0.05))
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### code chunk number 5: BoolFilter.Rnw:285-290 (eval = FALSE)
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## #View both datasets overlayed
## plotTrajectory(data$X,
## labels = p53net_DNAdsb1$genes,
## dataset2 = data$Y,
## compare = TRUE)
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### code chunk number 6: BoolFilter.Rnw:308-314 (eval = FALSE)
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## data <- simulateNetwork(p53net_DNAdsb1, n.data = 100, p = 0.02,
## obsModel = list(type = 'Gaussian',
## model = c(mu0 = 1,
## sigma0 = 2,
## mu1 = 5,
## sigma1 = 2)))
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### code chunk number 7: BoolFilter.Rnw:334-337 (eval = FALSE)
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## obsModel <- list(type = 'Poisson', s = 10.75, mu = 0.01, delta = c(2, 2, 2, 2))
##
## data <- simulateNetwork(p53net_DNAdsb1, n.data = 100, p = 0.02, obsModel)
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### code chunk number 8: BoolFilter.Rnw:359-366 (eval = FALSE)
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## obsModel <- list(type = 'NB',
## s = 10.875,
## mu = 0.01,
## delta = c(3, 3, 3, 3),
## phi = c(2, 2, 2, 2))
##
## data <- simulateNetwork(p53net_DNAdsb1, n.data = 100, p = 0.02, obsModel)
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### code chunk number 9: BoolFilter.Rnw:369-371 (eval = FALSE)
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## #display data without observation noise
## plotTrajectory(data$X, labels = p53net_DNAdsb1$genes)
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### code chunk number 10: BoolFilter.Rnw:385-389 (eval = FALSE)
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## #simulate bernoulli noise on p53 network
## data <- simulateNetwork(p53net_DNAdsb1, n.data = 100, p = .02,
## obsModel = list(type = 'Bernoulli',
## q = 0.02))
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### code chunk number 11: BoolFilter.Rnw:392-396 (eval = FALSE)
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## #run BKF algorithm on simulated data
## Results <- BKF(data$Y, p53net_DNAdsb1, p=0.02,
## obsModel = list(type = 'Bernoulli',
## q = 0.02))
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### code chunk number 12: BoolFilter.Rnw:400-405 (eval = FALSE)
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## #plot the original and estimated trajectories on top of each other.
## plotTrajectory(data$X,
## labels = p53net_DNAdsb1$genes,
## dataset2 = Results$Xhat,
## compare = TRUE)
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### code chunk number 13: BoolFilter.Rnw:414-421 (eval = FALSE)
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## data <- simulateNetwork(p53net_DNAdsb1, n.genes = 100, p = 0.02,
## obsModel = list(type = 'Bernoulli',
## q = 0.05))
##
## Results <- BKS(data$Y, p53net_DNAdsb1, p = 0.02,
## obsModel = list(type = 'Bernoulli',
## q = 0.05))
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### code chunk number 14: BoolFilter.Rnw:433-441 (eval = FALSE)
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## data(cellcycle)
##
## data <- simulateNetwork(cellcycle, n.data = 100, p = 0.02,
## obsModel = list(type = 'Gaussian',
## model = c(mu0 = 1,
## sigma0 = 2,
## mu1 = 5,
## sigma1 = 2)))
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### code chunk number 15: BoolFilter.Rnw:446-452 (eval = FALSE)
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## Results <- SIR_BKF(data$Y, N = 1000, alpha = 0.9, cellcycle, p = 0.02,
## obsModel = list(type = 'Gaussian',
## model = c(mu0 = 1,
## sigma0 = 2,
## mu1 = 5,
## sigma1 = 2)))
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### code chunk number 16: BoolFilter.Rnw:457-463 (eval = FALSE)
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## #compare the estimated and original state trajectories for selected Boolean variables
## VarPlot=c(1,2,5,7)
## plotTrajectory(data$X[VarPlot,],
## labels = cellcycle$genes[VarPlot],
## dataset2 = Results$Xhat[VarPlot,],
## compare = TRUE)
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### code chunk number 17: BoolFilter.Rnw:495-501 (eval = FALSE)
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## #load potential networks
## data(p53net_DNAdsb0)
## data(p53net_DNAdsb1)
##
## net1 <- p53net_DNAdsb0
## net2 <- p53net_DNAdsb1
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### code chunk number 18: BoolFilter.Rnw:505-514 (eval = FALSE)
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## #define observation model
## observation = list(type = 'NB',
## s = 10.875,
## mu = 0.01,
## delta = c(2, 2, 2, 2),
## phi = c(3, 3, 3, 3))
##
## #simulate data using one of the networks and a given 'p'
## data <- simulateNetwork(net1, n.data = 100, p = 0.02, obsModel = observation)
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### code chunk number 19: BoolFilter.Rnw:517-521 (eval = FALSE)
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## #run MMAE to determine model selection and parameter estimation
## MMAE(data$Y, net = c("net1","net2"), p = c(0.02,0.1,0.15), threshold = 0.8,
## Prior = NA,
## obsModel = observation)
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