inst/scripts/helpers.R

In lgatto/rpx: R Interface to the ProteomeXchange Repository

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##    Updates  all local PXDataset objets
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library(rpx)

pxprojs <- rpx:::localPxRepo()

table(pxprojs$status)

for (id in pxprojs$id[pxprojs$status == "local"]) {
    px <- PXDataset(id)
    if (!"PX" %in% names(pxfiles(px, as.vector = FALSE))) {
        message("... update file types")
        updatePxFileTypes(px)
    }
}