R/generateprof.r

In mariev/chromatoplotsgui: Interactive graphics and interface for chromatoplots

.genprof1 <- function(x, .cguienv){
  if(is.null(.cguienv$cpdata$baselevel)){
    baselevel <- min(x@env$intensity)
  } else {
    baselevel <- .cguienv$cpdata$baselevel
  }
  return(genProfile(x, 
                    step = .cguienv$cpdata$step, 
                    baselevel = baselevel,
                    basespace = .cguienv$cpdata$basespace,
                    integrate = .cguienv$cpdata$integrate))
}

.popgenprofile <- function(.cguienv, fly){
  if(!fly){
    .cguienv$cpdata$genprofdata <- lapply(.cguienv$cpdata$loaddata, 
                                          FUN = function(x){.genprofile1(x, .cguienv )})
  }else {
    .cguienv$cpdata$genprofdata <- list(.genprof1(.cguienv$cpdata$loaddata[[1]], .cguienv))
    
  }
}