chisq.post.hoc: Contrastes post hoc de una matriz de datos con chi-cuadrada

In mariosandovalmx/tlamatini: Tlamatini: Funciones utiles para biologxs y ecologxs confundidos con los modelos lineales

Contrastes post hoc de una matriz de datos con chi-cuadrada

Description

Muestra las comparaciones post-hoc por pares de una prueba Chi cuadrada significativa. Calcula los contrastes si hay más de dos grupos. Se aplica una prueba de fisher individual para saber que grupos difieren. Los valores p ajustados pueden calcularse con una amplia variedad de métodos: fdr, BH, BY, bonferroni, holm, hochberg y hommel. Funciona básicamente como una función envolvente que envía los valores p "brutos" no ajustados de cada prueba de chi-cuadrado por pares a la función p.adjust en el programa R base. La función p.adjust debe ser consultada para una mayor descripción de los métodos utilizados. Función tomada y modificada de la paqueteria fifer. https://www.rdocumentation.org/packages/fifer/versions/1.1

Usage

chisq.post.hoc(
  tabla,
  test = c("fisher.test"),
  popsInRows = TRUE,
  control = c("fdr", "BH", "BY", "bonferroni", "holm", "hochberg", "hommel"),
  digits = 4,
  simulate.p.value = NULL
)

Arguments

tabla	Una tabla o matriz usada para la función chisq.test
test	Método usado para ajustar el valor de P.
popsInRows	Un argumento lógico que indica si las poblaciones forman las filas de la tabla (por defecto =TRUE) o no (=FALSE).
control	Indica el método de control a utilizar. fdr, BH, BY, bonferroni, holm, hochberg y hommel.
digits	Número de digitos a mostrar.
simulate.p.value	Si argumento es TRUE, indica que se calculan los valores p mediante la simulación de Monte Carlo y 5000 replicas. Para más información consulta la funcion 'chisq.test'.

Value

Contrastes 'post-hoc' de chi cuadrada para dos niveles usando Fisher.test.

Examples

table <- as.table(rbind(c(14, 43), c(23, 47)))
rownames(table) <- c("Hembras", "Machos")
chisq.post.hoc(table,test = c("fisher.test"))

xtab <- as.table(rbind(c(180, 145), c(179, 106),c(510, 196), c(862, 23)))
dimnames(xtab) <- list(
Tratamiento = c("1st", "2nd", "3rd", "Control"),
Genero = c("hembra", "macho"))
chisq.post.hoc(xtab)
chisq.post.hoc(xtab,control = c("fdr"))
chisq.post.hoc(xtab,control = c("BY"))
chisq.post.hoc(xtab,control = c("bonferroni"))
chisq.post.hoc(xtab,control = c("bonferroni"), simulate.p.value = TRUE)

mariosandovalmx/tlamatini documentation built on Nov. 20, 2024, 12:28 a.m.