R/carrega-ssp.R

In mellohenrique/codeplan.boletim2: Gerador dos dados do Boletim da Codeplan

#' @title Carrega dados da ssp
#'
#' @description Avalia os dados de casos e obitos do MS e um grafico com o crescimento dos dados semanais
#'
#' @inheritParams carrega_dados
#'
#' @return uma data.frame ou data.table com os dados do ministerio de estados do brsail io
#'
#' @import data.table

carrega_ssp = function(caminho_ssp){
  # Le os dados da ssp
  dados_ssp = rbind(
    readxl::read_excel(caminho_ssp[1], guess_max = 10000),
    readxl::read_excel(caminho_ssp[2], guess_max = 10000),
    readxl::read_excel(caminho_ssp[3], guess_max = 10000))

  # Transforma os dados em data.table
  dados_ssp = data.table(dados_ssp)

  # Seleciona colunas interessadas
  dados_ssp = dados_ssp[, .(idade = Idade, sexo = Sexo, uf = UF, ra = RA, cadastro = Cadastro, primeiros_sintomas = `primeiros Sintomas`, data_obito = dataObito, estado_saude = `Estado de Saude`, entorno)]

  # Extrai as datas dos vetores de caracteres
  dados_ssp[,`:=`(
    cadastro = lubridate::dmy(stringr::str_extract(cadastro, "^[0-9]{2}\\/[0-9]{2}\\/[0-9]{4}")),
    primeiros_sintomas = lubridate::dmy(stringr::str_extract(primeiros_sintomas, "^[0-9]{2}\\/[0-9]{2}\\/[0-9]{4}")),
    data_obito = lubridate::dmy(stringr::str_extract(data_obito, "^[0-9]{2}\\/[0-9]{2}\\/[0-9]{4}"))
  )]

  # Retorna Resultados
  return(dados_ssp)
}