GetRNADataSet: Get RNA dataset

In nekrum/NeurocienciasIntroData: Paquete con Datos y Tutorales de Análisis de Datos

Description

Esta función permite descargar y procesar la información de RNA de TBI usa data.table para descargarla y optimizar su uso en memoria, pero el resultado es compatible con la sintaxis dataframe. Ademas permite definir si se quiere guardar el set de datos que se procesa a partir de los archivos originales. Otro parámetro a considerar es clean.tmp.files que permite borrar ó conservar el archivo original con todos los datos.

Usage

GetRNADataSet(save.file = TRUE, clean.tmp.files = FALSE)

Arguments

save.file	Parámetro booleano que define si se guardar la tabla procesada
clean.tmp.files	Parámetro booleano que si es verdadero borrará el archivo con los datos originales

Details

Datos con las tomas de expresión normalizadas para los diferentes genes y los diferentes perfiles de las sequencias de RNA.

Para saber a que gen pertenece cada muestra es necesario cruzar los datos con los datos de rows.genes, y para las sequecias de RNA el cruce debe hacerse con los datos de información de las muestras.

• gene_idNúmero de identificación del gen

• rnaseq_profile_idIdentificador de sequencia de RNA

• valueValores normalizados de la expresión del RNA

Value

data.table/dataframe con la información de la expresión de RNA

Examples

## Not run: 
  GetRNADataSet(save.file = TRUE, clean.tmp.files = FALSE )

## End(Not run)

nekrum/NeurocienciasIntroData documentation built on Nov. 25, 2020, 9:34 p.m.