In oc1lojo/nkbcgeneral: Generella verktyg för NKBC

knitr::opts_chunk$set(
  warning = FALSE,
  message = FALSE,
  collapse = TRUE,
  comment = "#>"
  # fig.path = "man/figures/README-"
)

nkbcgeneral

Generella verktyg för bearbetning av data från Nationellt kvalitetsregister för bröstcancer (NKBC).

Detta R-paket är en central plats för definition, implementering och dokumentation av generell bearbetning av NKBC-data i alla utdata-kanaler.

Användning på INCA-plattformen tillsammans med R-paketet nkbcind
Onlinerapporter innanför inloggning på INCA-plattformen med R-paketet rccShiny
- https://bitbucket.org/cancercentrum/brca-onlinerapporter/ (RCC-internt kodförråd)
NKBC Koll på läget (KPL), med R-paketet rccKPL
- https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-kpl/ (RCC-internt kodförråd)
NKBC Vården i siffror, med R-paketet incavis
- https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-vis/ (RCC-internt kodförråd)
Användning lokalt på RCC Stockholm-Gotland
Framtagande av NKBC Interaktiva Årsrapport med R-paketen nkbcind och rccShiny
- https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-arsrapportshiny (publikt kodförråd)
Datauttagsärenden inom NKBC
- jfr https://www.cancercentrum.se/samverkan/vara-uppdrag/kunskapsstyrning/kvalitetsregister/datauttag/
Andra sammanställningar

Jfr https://www.cancercentrum.se/samverkan/vara-uppdrag/statistik/kvalitetsregisterstatistik/

Installation

if (!requireNamespace("remotes")) {
  install.packages("remotes")
}

remotes::install_bitbucket("cancercentrum/nkbcgeneral")

Användning

library(dplyr)
library(stringr)
library(lubridate)
library(nkbcgeneral)

Läs in ögonblicksbild av NKBC exporterad från INCA.

load(
  file.path(Sys.getenv("BRCA_DATA_DIR"), "2022-09-02", "nkbc_nat_avid 2022-09-02 07-08-17.RData")
)

Generell förbearbetning av NKBC-data.

df_main <- df %>%
  mutate(across(where(is.factor), as.character)) %>%
  rename_with(
    str_replace, ends_with("_Värde"),
    pattern = "_Värde", replacement = "_Varde"
  ) %>%
  clean_nkbc_data() %>%
  mutate_nkbc_d_vars()