doc/SmithLabArray.R

In pjshort/SmithLabArray: Miscellaneous microarray data maniplation functions.

### R code from vignette source 'SmithLabArray.Rnw'

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### code chunk number 1: SmithLabArray.Rnw:40-41
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library('SmithLabArray')


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### code chunk number 2: SmithLabArray.Rnw:299-305
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library('ALL')
data('ALL')
selSamples <- ALL$mol.biol %in% c('ALL1/AF4', 'E2A/PBX1')
ALLs <- ALL[, selSamples]

sigs <- deriveSignature(ALLs, 'mol.biol', 'ALL1/AF4', lfc=0)


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### code chunk number 3: SmithLabArray.Rnw:354-355
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wanted <- as.character(unlist(lapply(sigs, subset, select='id', drop=TRUE)))


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### code chunk number 4: SmithLabArray.Rnw:362-366
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ALLs <- ALLs[ featureNames(ALLs) %in% wanted, ]
data(hmcol)
quantileColorHM(ALLs, col=rgcol, center=TRUE, trace='none',
                ColSideColors=ifelse(ALLs$mol.biol == 'ALL1/AF4', 'red', 'blue'))


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### code chunk number 5: SmithLabArray.Rnw:393-394
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hobj <- plotArrayHopach(ALLs, covariates=c('mol.biol'), kmax=2, col=hmcol)


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### code chunk number 6: SmithLabArray.Rnw:442-443
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sessionInfo()