README.md

In polehalieutique/demerstem: This package aims to falicitate Fish stock assessement for west african partners involved in the EU DEMERSTEM project

demerstem

DEMERSTEM project - Overview

The EU DEMERSTEM project (http://pescao-demerstem.org) aims to improve knowledge on stocks in ECOWAS area.

This package aims to provide function to help for stocks assessment process in West Africa DLS context. Surplus-production and length-based model are available, in particular it provides : 1. Delta-glm method to estimate year effect and compute indices abundance 2. Surplus-production model with pseudo-equilibrium fitting 3. Polymodal decomposition to extract numbers-at-age 4. Rectified pseudo-cohort to estimate F-at-age and elaborate a diagnosis on stock status

Le projet Européen DEMERSTEM (http://pescao-demerstem.org) vise à améliorer les connaissances sur les stocks dans la région CEDEAO.

Ce package a été developpé en appui à l'évaluation des stocks d'Afrique de l'Ouest en contexte data-limited. Des modèles basés sur les tailles et de production sont disponibles. En particulier on retrouve : 1. Une méthode d'estimation d'indices d'abondance par delta-GLM 2. Un modèle de production ajusté en pseudo-équilibre. 3. La décomposition polymodale pour estimer le nombre d'invidus de chaque âge. 4. La méthode des pseudo cohortes rectifiées pour estimer les F aux âges.

Installation

You need devtools to use the function install_github()

install.packages('devtools')
library(devtools)

You also need to install Jags for bayesian simulation : https://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/JAGS/4.x/Windows/

Then, you can install the package

install_github("polehalieutique/demerstem")

library(demerstem)
packageVersion("demerstem")

Getting Started

Once the demerstem package is installed, a set of vignettes and data are available in order to take first steps with the package.

polehalieutique/demerstem documentation built on Aug. 4, 2024, 5:12 a.m.