In richelbilderbeek/wiritttes: WIRITTE simulation

library(wiritttes)
options(warn = 2)
filename <- find_path("toy_example_4.RDa")
file <- read_file(filename)
posterior_1 <- get_posterior_by_index(file, 1)$trees
posterior_2 <- get_posterior_by_index(file, 2)$trees
posterior_3 <- get_posterior_by_index(file, 3)$trees
posterior_4 <- get_posterior_by_index(file, 4)$trees
testit::assert(tracerer::is_trees_posterior(posterior_1) == TRUE)
testit::assert(tracerer::is_trees_posterior(posterior_2) == TRUE)
testit::assert(tracerer::is_trees_posterior(posterior_3) == TRUE)
testit::assert(tracerer::is_trees_posterior(posterior_4) == TRUE)

# All same posteriors are identical
testit::assert(are_identical_trees_posteriors(posterior_1, posterior_1) == TRUE)
testit::assert(are_identical_trees_posteriors(posterior_2, posterior_2) == TRUE)
testit::assert(are_identical_trees_posteriors(posterior_3, posterior_3) == TRUE)
testit::assert(are_identical_trees_posteriors(posterior_4, posterior_4) == TRUE)

# All different posteriors are different
testit::assert(are_identical_trees_posteriors(posterior_1, posterior_2) == FALSE)
testit::assert(are_identical_trees_posteriors(posterior_1, posterior_3) == FALSE)
testit::assert(are_identical_trees_posteriors(posterior_1, posterior_4) == FALSE)
testit::assert(are_identical_trees_posteriors(posterior_2, posterior_3) == FALSE)
testit::assert(are_identical_trees_posteriors(posterior_2, posterior_4) == FALSE)
testit::assert(are_identical_trees_posteriors(posterior_3, posterior_4) == FALSE)

multiphylo_1 <- posterior_1
multiphylo_2 <- posterior_2
multiphylo_3 <- posterior_3
multiphylo_4 <- posterior_4
class(multiphylo_1) <- "multiPhylo"
class(multiphylo_2) <- "multiPhylo"
class(multiphylo_3) <- "multiPhylo"
class(multiphylo_4) <- "multiPhylo"
phangorn::densiTree(multiphylo_1, type = "cladogram", alpha = 1)
phangorn::densiTree(multiphylo_2, type = "cladogram", alpha = 1)
phangorn::densiTree(multiphylo_3, type = "cladogram", alpha = 1)
phangorn::densiTree(multiphylo_4, type = "cladogram", alpha = 1)