In sbbrandt/xgbAnalysis: Reaction coordinates analysis

TODO plot von berechnung trennen, alle plots in ein file TODO keine default filenames annehmen TODO imports, exports in Ordnung bringen, @importFrom pck method benutzen

library('xgbAnalysis')

Prepare training and test data.

Warum werden kompletter Datensatz und Index files gespeichert? Wozu werden die später gebraucht? Ergebnis ist named list mit num_class, sollte das nicht in params?

res = import.data(output_dir = 'data', 
                  coords     = 'HP35_every100.xtc.dih', 
                  states     = 'coredTrajectory',
                  labels     = 'dihedrals', 
                  trainsplit = 0.7)
res

set.parameters/get.parameters

Parameterabfrage aus train.model in set.parameters reading/writing/setting parameters in one file.

TODO: parameter file wird einfach ins current wd geschrieben, filename übergeben? get.parameter transforms to nsum(!(names(parameter) %in% names(get.default.parameter())))umeric, leads to NAs for non-numeric params

set.parameter()
ps = get.parameter(names(get.default.parameter()))

Train model

getwd()
train.model('data', 'model', res['num_class'], get.parameter(names(get.default.parameter())))

Single class importance

TODO error with 'model/xgb.model' and with 'model/xgb.dump.model' (what's the difference?)

getwd()
res <- single.class.importance('model/xgb.model', 'data/feature.names', 0)
res

sbbrandt/xgbAnalysis documentation built on May 29, 2019, 9:11 a.m.