Files in sivarajankumar/zinba

ZINBA: Zero-Inflation Negative Binomial Algorithm

DESCRIPTION

NAMESPACE

R/alignAdjust.R R/basealigncount.R R/basecountimport.R R/buildcustomwindowdata.R R/buildwindowdata.R R/buildwindowdata2.R R/collapsewindows.R R/convertmappability.R R/coord_sbpc.R R/coord_sbpd.R R/covselect.R R/fatotwobit.R R/generateAlignability.R R/getrefinedpeaks.R R/getsigwindows.R R/getsigwindows2.R R/getwindowcounts.R R/hgfakeagp.R R/peakbound.R R/rc_wins.R R/run_zinba.R R/sbpc_histogram.R R/signalnoise.R R/startenrichement.R R/twobitinfo.R R/twobittofa.R R/zcrosscorr.R R/zeroinfl.R R/zinba.R R/zinbagui.R man/alignAdjust.Rd man/basealigncount.Rd man/basecountimport.Rd man/buildwindowdata.Rd man/convertmappability.Rd man/covariateselect.Rd man/getrefinedpeaks.Rd man/getsigwindows.Rd man/peakbound.Rd man/run.zinba.Rd man/signalnoise.Rd man/summary.zinba.Rd man/zinba.Rd

src/ace.h

src/aliType.c

src/aliType.h

src/alignAdjust.cc

src/analysis.cc

src/analysis.h

src/apacheLog.c

src/apacheLog.h

src/asParse.c

src/asParse.h

src/asa103.cpp

src/asa103.h

src/asa121.cpp

src/asa121.h

src/axt.c

src/axt.h

src/axtAffine.c

src/bPlusTree.c

src/bPlusTree.h

src/bandExt.h

src/base64.c

src/base64.h

src/baseAlignCounts.cc

src/basicBed.c

src/basicBed.h

src/bbiFile.h

src/bbiRead.c

src/bbiWrite.c

src/bcanalysis.cc

src/bcanalysis.h

src/bed2vector.cc

src/bigBed.c

src/bigBed.h

src/bigWig.h

src/binAlignAdjust.cc

src/binRange.c

src/binRange.h

src/bits.c

src/bits.h

src/blastOut.c

src/blastParse.c

src/blastParse.h

src/boxClump.c

src/boxClump.h

src/boxLump.c

src/boxLump.h

src/buildCustomWindows.cc

src/buildWindows.cc

src/buildWindowsfast.cc

src/bwRead.cc

src/bwRead.h

src/bwRead2.cc

src/bwRead2.h

src/bwgCreate.c

src/bwgInternal.h

src/bwgQuery.c

src/calcCovs.cc

src/calcCovs.h

src/canalysis.cc

src/canalysis.h

src/canalysisdouble.cc

src/canalysisdouble.h

src/cda.c

src/cda.h

src/cgi_build_rules.mk

src/chain.c

src/chain.h

src/chainBlock.c

src/chainBlock.h

src/chainConnect.c

src/chainConnect.h

src/chainToAxt.c

src/chainToAxt.h

src/chainToPsl.c

src/chainToPsl.h

src/cheapcgi.c

src/cheapcgi.h

src/cirTree.c

src/cirTree.h

src/cnvWins.cc

src/cnvWins.h

src/codebias.c

src/codebias.h

src/colHash.c

src/colHash.h

src/collapsewindows.cc

src/common.c

src/common.h

src/common.mk

src/common.ps

src/common.pss

src/coord.cc

src/coord.h

src/coord2.cc

src/coord2.h

src/coordSeqCount.cc

src/coordSeqCount_ki.cc

src/correlate.c

src/correlate.h

src/crTree.c

src/crTree.h

src/crudeali.h

src/dataWins.cc

src/dataWins.h

src/dgRange.c

src/diGraph.c

src/diGraph.c.97

src/diGraph.h

src/diGraph.h.97

src/direct.h

src/direct.h~

src/dlist.c

src/dlist.h

src/dnaLoad.c

src/dnaLoad.h

src/dnaMarkov.c

src/dnaMarkov.h

src/dnaMotif.c

src/dnaMotif.h

src/dnaMotif.pss

src/dnaseq.c

src/dnaseq.h

src/dnautil.c

src/dnautil.h

src/dtdParse.c

src/dtdParse.h

src/dystring.c

src/dystring.h

src/emblParse.c

src/emblParse.h

src/ens.h

src/errCatch.c

src/errCatch.h

src/errabort.c

src/errabort.h

src/fa.c

src/fa.h

src/faToTwoBit.c

src/ffAli.c

src/ffScore.c

src/filePath.c

src/filePath.h

src/fixColor.c

src/flydna.c

src/flydna.h

src/fof.c

src/fof.h

src/frpanalysis.cc

src/frpanalysis.h

src/full_refinepeaks.cc

src/fuzzyFind.h

src/fuzzyShow.c

src/gapCalc.c

src/gapCalc.h

src/gdf.c

src/gdf.h

src/gemfont.c

src/gemfont.h

src/genoFind.h

src/genomeRangeTree.c

src/genomeRangeTree.h

src/getSeqCountProfile

src/getSeqCountProfile.cc

src/getwindowcounts.cc

src/gfClientLib.h

src/gfNet.c

src/gfPcrLib.h

src/gfWebLib.h

src/gff.c

src/gff.h

src/gff3.c

src/gff3.h

src/gfxPoly.c

src/gfxPoly.h

src/gifLabel.c

src/gifLabel.h

src/gifcodes.h

src/gifcomp.c

src/gifdecomp.c

src/gifread.c

src/gifwrite.c

src/glm_nb.cpp

src/glm_test.cpp

src/glm_test.h

src/hash.c

src/hash.h

src/hgFakeAgp.c

src/hgGene.h

src/hgap.h

src/hgdb.h

src/histogram.c

src/histogram.h

src/histsbpc.cc

src/histsbpc.h

src/hmmPfamParse.c

src/hmmPfamParse.h

src/hmmstats.c

src/hmmstats.h

src/htmlPage.c

src/htmlPage.h

src/htmshell.c

src/htmshell.h

src/https.c

src/https.h

src/import.cc

src/import.h

src/intExp.c

src/intValTree.c

src/intValTree.h

src/internet.c

src/internet.h

src/io.h

src/itsa.c

src/itsa.h

src/jointalign.c

src/jointalign.h

src/jpegSize.c

src/jpegSize.h

src/keys.c

src/keys.h

src/kxTok.c

src/kxTok.h

src/linefile.c

src/linefile.h

src/localmem.c

src/localmem.h

src/log.c

src/log.h

src/maDbRep.h

src/maToFf.h

src/maf.c

src/maf.doc

src/maf.h

src/mafFromAxt.c

src/mafScore.c

src/mapout2alignability.cc

src/md5.c

src/md5.h

src/memalloc.c

src/memalloc.h

src/memgfx.c

src/memgfx.h

src/mgCircle.c

src/mgHugeFont.c

src/mgLargeFont.c

src/mgMediumFont.c

src/mgPolygon.c

src/mgSmallFont.c

src/mgTinyFont.c

src/mime.c

src/mime.h

src/mla.cpp

src/net.c

src/net.h

src/nib.c

src/nib.h

src/nibTwo.c

src/nibTwo.h

src/nt4.c

src/nt4.h

src/obscure.c

src/obscure.h

src/oldGff.c

src/oldGff.h

src/oligoTm.c

src/oligoTm.h

src/ooc.h

src/options.c

src/options.h

src/osunix.c

src/oswin9x.c~

src/pairHmm.c

src/pairHmm.h

src/patSpace.h

src/pc.h

src/phyloTree.c

src/phyloTree.h

src/pipeline.c

src/pipeline.h

src/portable.h

src/portimpl.c

src/portimpl.h

src/process_bin_scores.cc

src/process_bin_scores.h

src/process_scores.cc

src/process_scores.h

src/psGfx.c

src/psGfx.h

src/psPoly.c

src/psPoly.h

src/pscmGfx.c

src/pscmGfx.h

src/psl.as

src/psl.c

src/psl.h

src/psl.sql

src/pslGenoShow.c

src/pslShow.c

src/pslTbl.c

src/pslTbl.h

src/pslTransMap.c

src/pslTransMap.h

src/pslWScore.as

src/pslWScore.sql

src/pthreadWrap.c

src/pthreadWrap.c~

src/pthreadWrap.h

src/qa.c

src/qa.h

src/quickHeap.c

src/quickHeap.h

src/quotedP.c

src/quotedP.h

src/ra.c

src/ra.h

src/rangeTree.c

src/rangeTree.h

src/rbTree.c

src/rbTree.h

src/rcWindows.cc

src/repMask.c

src/repMask.h

src/rle.c

src/rle.h

src/rnautil.c

src/rnautil.h

src/rudp.c

src/rudp.h

src/sbpcHistogram.cc

src/scoreWindow.c

src/scoreWindow.h

src/seg.c

src/seg.h

src/seqOut.c

src/seqOut.h

src/seqStats.c

src/seqStats.h

src/servBrcMcw.c

src/servCrunx.c

src/servcis.c

src/servcl.c

src/servmsII.c

src/servpws.c

src/shaRes.c

src/shaRes.h

src/sig.h

src/signalnoise.cc

src/simp.c

src/slog.c

src/slog.h

src/snof.c

src/snof.h

src/snofmake.c

src/snofmake.h

src/snofsig.c

src/spaceSaver.c

src/spaceSaver.h

src/spacedColumn.c

src/spacedColumn.h

src/spacedSeed.c

src/spacedSeed.h

src/splatAli.as

src/splatAli.c

src/splatAli.h

src/splix.h

src/sqlList.c

src/sqlList.h

src/sqlNum.c

src/sqlNum.h

src/stl/algo.h

src/stl/algobase.h

src/stl/algorithm

src/stl/alloc.h

src/stl/bitset

src/stl/bvector.h

src/stl/char_traits.h

src/stl/concept_checks.h

src/stl/container_concepts.h

src/stl/defalloc.h

src/stl/deque

src/stl/deque.h

src/stl/function.h

src/stl/functional

src/stl/hash_map

src/stl/hash_map.h

src/stl/hash_set

src/stl/hash_set.h

src/stl/hashtable.h

src/stl/heap.h

src/stl/iterator

src/stl/iterator.h

src/stl/limits

src/stl/list

src/stl/list.h

src/stl/map

src/stl/map.h

src/stl/memory

src/stl/multimap.h

src/stl/multiset.h

src/stl/numeric

src/stl/pair.h

src/stl/pthread_alloc

src/stl/pthread_alloc.h

src/stl/queue

src/stl/rope

src/stl/rope.h

src/stl/ropeimpl.h

src/stl/sequence_concepts.h

src/stl/set

src/stl/set.h

src/stl/slist

src/stl/slist.h

src/stl/stack

src/stl/stack.h

src/stl/stdexcept

src/stl/stl_algo.h

src/stl/stl_algobase.h

src/stl/stl_alloc.h

src/stl/stl_bvector.h

src/stl/stl_config.h

src/stl/stl_construct.h

src/stl/stl_ctraits_fns.h

src/stl/stl_deque.h

src/stl/stl_exception.h

src/stl/stl_function.h

src/stl/stl_hash_fun.h

src/stl/stl_hash_map.h

src/stl/stl_hash_set.h

src/stl/stl_hashtable.h

src/stl/stl_heap.h

src/stl/stl_iterator.h

src/stl/stl_iterator_base.h

src/stl/stl_list.h

src/stl/stl_map.h

src/stl/stl_multimap.h

src/stl/stl_multiset.h

src/stl/stl_numeric.h

src/stl/stl_pair.h

src/stl/stl_queue.h

src/stl/stl_range_errors.h

src/stl/stl_raw_storage_iter.h

src/stl/stl_relops.h

src/stl/stl_rope.h

src/stl/stl_set.h

src/stl/stl_slist.h

src/stl/stl_stack.h

src/stl/stl_string_fwd.h

src/stl/stl_tempbuf.h

src/stl/stl_threads.h

src/stl/stl_tree.h

src/stl/stl_uninitialized.h

src/stl/stl_vector.h

src/stl/string

src/stl/tempbuf.h

src/stl/tree.h

src/stl/type_traits.h

src/stl/utility

src/stl/valarray

src/stl/vector

src/stl/vector.h

src/subText.c

src/subText.h

src/sufa.c

src/sufa.h

src/sufx.c

src/sufx.h

src/supStitch.h

src/synQueue.c

src/synQueue.h

src/tabRow.c

src/tabRow.h

src/test.cpp

src/textOut.c

src/textOut.h

src/tokenizer.c

src/tokenizer.h

src/trans3.h

src/trix.c

src/trix.h

src/twoBit.c

src/twoBit.h

src/twoBitInfo.c

src/twoBitToFa.c

src/udc.c

src/udc.h

src/unfin.h

src/vGfx.c

src/vGfx.h

src/vGfxPrivate.h

src/vGif.c

src/valgrind.suppress

src/verbose.c

src/verbose.h

src/wildcmp.c

src/winCounts.cc

src/winCounts.h

src/wormdna.c

src/wormdna.h

src/xAli.as

src/xAli.c

src/xAli.h

src/xAli.sql

src/xa.c

src/xa.h

src/xap.c

src/xap.h

src/xenalign.h

src/xenshow.c

src/xmlEscape.c

src/xmlEscape.h

src/xp.c

src/xp.h

sivarajankumar/zinba documentation built on May 29, 2019, 10:11 p.m.