inst/app/funs/pareadoSimilaridade.R

In sollano/AppInventarioNativas: AppInventarioNativas

p.similaridade=function(x, y, rotuloNI = "", indice = "both"){
  
  # converter rotulos NI (aplicativo)
  if(is.null(rotuloNI)||rotuloNI==""){rotuloNI <- ""}
  
  # Remover observações cuja espécie é desconhecida
  # modifiquei para aceitar multiplas entradas
  semNI1 = x[! x %in% rotuloNI]
  semNI1 = x[!is.na(x)]
  
  # Encontrar o número de espéciue que ocorrem na parcela
  a = length(unique(semNI1))
  
  # modifiquei para aceitar multiplas entradas
  semNI2 = y[! y %in% rotuloNI]
  
  b = length(unique(semNI2))
  
  c = length(intersect(unique(semNI1), unique(semNI2)))
  
  SJ = round(c / (a+b-c), 2)
  
  SO = round(2*c/(a+b), 2)
  
  if(indice == "both"){
    
    return(c(SJ, SO))
    
  } else if (indice == "Sorensen"){
    
    return(SO)
    
  } else if (indice == "Jaccard"){
    
    return(SJ)
  
  } else {
    
    return(c(SJ, SO))
  }
}