R/AllGenerics.R

In spapillon/CopyNumber450k: R package for calling CNV from Illumina 450k methylation microarrays

################################################################################ 

setGeneric("getSummary", function(object) standardGeneric("getSummary"))

################################################################################ 

setGeneric("getSegments", function(object) standardGeneric("getSegments"))

################################################################################ 

setGeneric("findCNV", function(object, gene_names, type = "both") standardGeneric("findCNV"))

################################################################################ 

setGeneric("intersectCNV", function(object, sample_indices, type = "both") standardGeneric("intersectCNV"))

################################################################################ 

setGeneric("subgroupDifference", function(object, group1_indices, group2_indices) standardGeneric("subgroupDifference"))

################################################################################ 

setGeneric("dropSNPprobes", function(object, maf_threshold = 0) standardGeneric("dropSNPprobes"))

################################################################################ 

setGeneric("segmentize", function(object, verbose = 1, p.adjust.method = "bonferroni", 
    min.width = 5, nperm = 10000, alpha = 0.01, undo.splits = "sdundo", undo.SD = 2, 
    trim = 0.1) standardGeneric("segmentize"))

################################################################################ 

setGeneric("computeSignificance", function(object, p.value.threshold = 0.01, num.mark.threshold = 10) standardGeneric("computeSignificance"))

################################################################################ 

setGeneric("getColoring", function(object, color.by = c("array.row", "array.col", 
    "sample.group", "slide", "origin"), color.function = rainbow) standardGeneric("getColoring"))

################################################################################ 

setGeneric("plotSample", function(object, index, chr, start, end, showProbes = FALSE, ...) standardGeneric("plotSample"))

################################################################################ 

setGeneric("plotDensity", function(object, color.by = c("array.row", "array.col", 
    "sample.group", "slide", "origin"), color.function = rainbow, legend.position = "topright", 
    ...) standardGeneric("plotDensity"))

################################################################################ 

setGeneric("plotPCA", function(object, color.by = c("array.row", "array.col", "sample.group", 
    "slide", "origin"), color.function = rainbow, legend.position = "topright", ...) standardGeneric("plotPCA"))

################################################################################