inst/doc/seqLogo.R

In thephilross/seqLogo: Sequence logos for DNA sequence alignments

### R code from vignette source 'seqLogo.Rnw'

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### code chunk number 1: load
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library(seqLogo) 


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### code chunk number 2: makePWM
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mFile <- system.file("Exfiles/pwm1", package="seqLogo")
m <- read.table(mFile)
m
p <- makePWM(m)


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### code chunk number 3: slots
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slotNames(p)
p@pwm
p@ic
p@consensus


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### code chunk number 4: cosmoArgs
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args(seqLogo)


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### code chunk number 5: seqLogo1
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seqLogo(p)


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### code chunk number 6: seqLogo2
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seqLogo(p, ic.scale=FALSE)