read_fastas: Read fasta files from specific directory
In xvtyzn/ider:

read_fastas

R Documentation

Read fasta files from specific directory

Description

fastaファイルをまとめて読み込むための関数

Usage

read_fastas(
  fastas,
  dir = FALSE,
  type = c("DNA", "AA"),
  extension = "fna",
  names = NULL,
  ...
)

Arguments

`fastas`	fastaのファイルパスのリストもしくはディレクトリ
`dir`	(default: FALSE)
`type`	配列のタイプ, DNAかAAか
`extension`	fastaファイルの拡張子。読み込みの際に指定された拡張子はファイル名から削除されて、ゲノム名となる
`names`	ゲノムの名前を自分で指定したい場合に指定する

Value

DNAStringSetと名前のリスト

Examples

#fasta_dir <- system.file("inst/extdata/Rickettsiales/fasta", package = "polaris")
#fasta_list <- read_fastas(fasta_dir, dir = TRUE, type = "DNA")

# fastaのファイル一覧取得。こちらでも動く
# fasta_filelist <- list.files(path = fastas, pattern = NULL, full.names = T)
# fasta_list <- read_fastas(fasta_filelist)

xvtyzn/ider documentation built on May 15, 2022, 1 p.m.