Files in zhezhangsh/rchive

.DS_Store

DESCRIPTION

NAMESPACE

R/AddDbGapPubMed.r R/CombineGwas.r R/CombineHomolog.r R/CombineIntron.r R/DownloadBrainSpan.r R/DownloadDbGap.r R/DownloadDbGap2.r R/DownloadGtex.r R/DownloadMouseAtlas.r R/FormatGenesetCollection.r R/GetEntrezDetail.r R/GetPubMed.r R/HtmlUtilities.r R/MapBiosystems.r R/MapChromosome.r R/MapGtf.r R/MapHomologene.r R/MapKegg.r R/MapOrg2Gene.r R/MapProbe2Gene.r R/MapSet2Species.r R/MapUnigeneSpecies.r R/MergeEncodeReadCount.r R/ParseChebi.r R/ParseDbGap.r R/ParseDbSNP.r R/ParseDisGeNET.r R/ParseEntrez.r R/ParseG1kVcf.r R/ParseGtf.r R/ParseGwasCatalog.r R/ParseHomologene.r R/ParseMesh.r R/ParseOmim.r R/ParsePir.r R/ParsePubtator.r R/ParseTaxonomy.r R/ParseUnigene.r R/PrepareGeexCollection.r R/PrepareMetaGwas.r R/ProcessGEO.r R/ProcessGexDataset.r R/QueryDbsnpDb.r R/RetrieveDbGapStat.r R/SummarizeDbGap.r R/TableUtilities.r R/TrackActivity.R R/UpdateLog.r README.md dev/assembly/MapChromosome.r dev/chemical/ParseChebi.r dev/disease/ParseDisGeNET.r dev/disease/ParseMesh.r dev/disease/ParseOmim.r dev/encode/MergeEncodeReadCount.r dev/extra/HtmlUtilities.r dev/extra/TableUtilities.r dev/extra/UpdateLog.r dev/gene.set/MapBiosystems.r dev/gene.set/MapKegg.r dev/gene.set/MapSet2Species.r dev/gene.set/ParsePir.r dev/gene/CombineHomolog.r dev/gene/CombineIntron.r dev/gene/GetEntrezDetail.r dev/gene/MapGtf.r dev/gene/MapHomologene.r dev/gene/MapOrg2Gene.r dev/gene/MapUnigeneSpecies.r dev/gene/ParseEntrez.r dev/gene/ParseGtf.r dev/gene/ParseHomologene.r dev/gene/ParseUnigene.r dev/gex/DownloadBrainSpan.r dev/gex/DownloadGtex.r dev/gex/DownloadMouseAtlas.r dev/gex/PrepareGeexCollection.r dev/gex/ProcessGEO.r dev/gex/ProcessGexDataset.r dev/gwas/AddDbGapPubMed.r dev/gwas/CombineGwas.r dev/gwas/DownloadDbGap.r dev/gwas/DownloadDbGap2.r dev/gwas/ParseGwasCatalog.r dev/gwas/PrepareMetaGwas.r dev/gwas/RetrieveDbGapStat.r dev/gwas/SummarizeDbGap.r dev/literature/GetPubMed.r dev/literature/ParsePubtator.r dev/taxonomy/ParseTaxonomy.r dev/variant/ParseDbSNP.r dev/variant/ParseG1kVcf.r dev/variant/QueryDbsnpDb.r

nohup.out

rchive.Rproj

script/export_functions.r script/load.r script/load_by_url.r script/parse_ncbi_taxonomy.r script/parser_xml.r script/update/assembly/UpdateHumanChromosome.r script/update/assembly/log/2015-04-23_UpdateHumanChromosome.r script/update/chemical/UpdateChebi.r script/update/chemical/UpdateMeshChemical.r script/update/chemical/log/2015-05-29_UpdateChebi.r script/update/chemical/log/2015-05-29_UpdateMeshChemical.r script/update/disease/UpdateDisGeNET.r script/update/disease/UpdateMeshDisease.r script/update/disease/UpdateOmim.r script/update/disease/log/2015-05-28_UpdateOmim.r script/update/disease/log/2015-05-29_UpdateMeshDisease.r script/update/disease/log/2015-10-01_UpdateDisGeNET.r script/update/disease/log/2017-02-08_UpdateDisGeNET.r script/update/disease/log/2017-02-08_UpdateMeshDisease.r script/update/disease/log/2017-02-10_UpdateMeshDisease.r script/update/disease/log/2017-02-10_UpdateOmim.r

script/update/disease/nohup.out

script/update/disease/run.sh

script/update/disease/www.ebi.ac.uk_gwas_api_search_downloads_full.rds

script/update/encode/DownloadEncode.r script/update/encode/MapEncodeTFBS.r script/update/encode/log/2016-10-13_DownloadEncode.r script/update/encode/log/2017-02-14_MapEncodeTFBS.r script/update/epigenome/DownloadHistome.r script/update/epigenome/log/2017-04-09_DownloadHistome.r script/update/gene.set/CollectDefaultGeneSet.r script/update/gene.set/UpdateBioGrid.r script/update/gene.set/UpdateBiosystems.r script/update/gene.set/UpdateEnrichmentMap.r script/update/gene.set/UpdateGeneSet.r script/update/gene.set/UpdateGeneSetDB.r script/update/gene.set/UpdateGeneSigDB.r script/update/gene.set/UpdateInteractome.r script/update/gene.set/UpdateKegg.r script/update/gene.set/UpdateMSigDb.r script/update/gene.set/UpdateRegulatoryCircuits.r script/update/gene.set/UpdateRegulatoryNetworks.r script/update/gene.set/UpdateTftargets.r script/update/gene.set/UpdateTiGER.r script/update/gene.set/UpdateTrrust.r script/update/gene.set/log/2015-04-06_Biosystems2Gene.r script/update/gene.set/log/2015-04-06_KeggP2G.r script/update/gene.set/log/2015-04-08_UpdateBiosystems.r script/update/gene.set/log/2015-05-12_UpdateMSigDb.r script/update/gene.set/log/2015-06-26_UpdateKegg.r script/update/gene.set/log/2015-06-30_UpdateGeneSet.r script/update/gene.set/log/2015-08-07_UpdateGeneSet.r script/update/gene.set/log/2015-09-08_CollectDefaultGeneSet.r script/update/gene.set/log/2016-01-08_CollectDefaultGeneSet.r script/update/gene.set/log/2016-01-13_CollectDefaultGeneSet.r script/update/gene.set/log/2016-01-14_CollectDefaultGeneSet.r script/update/gene.set/log/2017-02-11_UpdateKegg.r script/update/gene.set/log/2017-02-12_UpdateKegg.r script/update/gene.set/log/2017-02-14_UpdateInteractome.r script/update/gene.set/log/2017-02-14_UpdateRegulatoryNetworks.r script/update/gene.set/log/2017-02-14_UpdateTiGER.r script/update/gene.set/log/2017-02-14_UpdateTrrust.r script/update/gene.set/log/2017-02-15_UpdateEnrichmentMap.r script/update/gene.set/log/2017-02-15_UpdateGeneSetDB.r script/update/gene.set/log/2017-02-15_UpdateGeneSigDB.r script/update/gene.set/log/2017-02-17_UpdateEnrichmentMap.r script/update/gene.set/log/2017-02-17_UpdateKegg.r script/update/gene.set/log/2017-02-18_UpdateGeneSet.r script/update/gene.set/log/2017-02-19_UpdateBiosystems.r script/update/gene.set/log/2017-02-21_UpdateGeneSigDB.r script/update/gene.set/log/2017-03-30_UpdateGeneSet.r

script/update/gene.set/nohup.out

script/update/gene/MapEntrez2Ensembl.r script/update/gene/MapWormbase2Human.Rmd

script/update/gene/MapWormbase2Human.html

script/update/gene/MapWormbase2Mouse.Rmd script/update/gene/UpdateDfam.r script/update/gene/UpdateEntrez.r script/update/gene/UpdateGeneID.r script/update/gene/UpdateGtf.r script/update/gene/UpdateIntron.r script/update/gene/UpdateUnigene.r

script/update/gene/human2worm_entrez.rds

script/update/gene/log/2015-04-19_UpdateGtf.r script/update/gene/log/2015-04-20_UpdateGtf.r script/update/gene/log/2015-04-22_UpdateGtf.r script/update/gene/log/2015-04-23__UpdateIntron_human_GRCh37.r script/update/gene/log/2015-04-23__UpdateIntron_human_GRCh38.r script/update/gene/log/2015-04-24_UpdateEntrez.r script/update/gene/log/2015-04-24__UpdateIntron_human_GRCh38.r script/update/gene/log/2015-06-02_UpdateEntrez.r script/update/gene/log/2015-06-03_UpdateEntrez.r script/update/gene/log/2015-12-03_UpdateEntrez.r script/update/gene/log/2016-01-12_UpdateUnigene.r script/update/gene/log/2016-01-13_UpdateUnigene.r script/update/gene/log/2016-02-01_MapWormbase2Human.Rmd script/update/gene/log/2017-02-10_UpdateEntrez.r script/update/gene/log/2017-02-15_UpdateEntrez.r script/update/gene/log/2017-02-16_MapEntrez2Ensembl.r script/update/gene/log/2017-03-07__UpdateDfam.r

script/update/gene/nohup.out

script/update/gene/worm2human_entrez.rds

script/update/gene/www.ebi.ac.uk_gwas_api_search_downloads_full.rds

script/update/gex/DownloadCdLS.r script/update/gex/DownloadEXPO.r script/update/gex/DownloadGtexCount.r script/update/gex/DownloadGtexFPKM.r script/update/gex/DownloadNCI60.r script/update/gex/log/2015-06-11_UpdateGeexCollections.r script/update/gex/log/2015-06-12_UpdateGeexCollections.r script/update/gex/log/2015-06-14_UpdateGeexCollections.r script/update/gex/log/2015-06-15_UpdateGeexCollections.r script/update/gex/log/2015-06-16_UpdateGeexCollections.r script/update/gex/log/2015-06-23_UpdateGeexCollections.r script/update/gex/log/2015-07-21_UpdateGeexCollections.r script/update/gex/log/2015-07-23_UpdateGeexCollections.r script/update/gex/log/2015-08-06_UpdateGeexCollections.r script/update/gex/log/2015-08-08_DownloadCdLS.r script/update/gex/log/2015-08-11_DownloadCdLS.r script/update/gex/log/2015-08-11_UpdateGeexCollections.r script/update/gex/log/2015-08-12_DownloadNCI60.r script/update/gex/log/2015-08-12_UpdateGeexCollections.r script/update/gex/log/2015-10-13_UpdateGeexCollections.r script/update/gex/log/2016-10-04_DownloadGtexCount.r script/update/gex/log/2017-01-27_DownloadGtexCount.r script/update/gex/log/2017-01-31_DownloadGtexFPKM.r script/update/gex/log/2017-02-02_DownloadGtexFPKM.r

script/update/gex/nohup.out

script/update/gwas/UpdateDbgap.r script/update/gwas/UpdateGwasCatalog.r script/update/gwas/UpdateMetaGwas.r script/update/gwas/log/2015-04-27_UpdateGwasCatalog.r script/update/gwas/log/2015-05-17_UpdateDbgap.r script/update/gwas/log/2015-05-22_UpdateDbgap.r script/update/gwas/log/2015-06-01_UpdateMetaGwas.r script/update/gwas/log/2015-06-02_UpdateMetaGwas.r script/update/gwas/log/2015-06-04_UpdateMetaGwas.r

script/update/gwas/nohup.out

script/update/gwas/phred_tables.yaml

script/update/gwas/www.ebi.ac.uk_gwas_api_search_downloads_full.rds

script/update/literature/UpdatePubtator.r script/update/literature/log/2015-05-26_UpdatePubtator.r script/update/literature/log/2017-02-10_UpdatePubtator.r

script/update/literature/nohup.out

script/update/mirna/UpdateMirbase.r script/update/mirna/UpdateMirdbTarget.r script/update/mirna/log/2017-02-13_UpdateMirbase.r script/update/mirna/log/2017-02-13_UpdateMirdbTarget.r script/update/noncoding/UpdateDASHR.r script/update/noncoding/UpdateRNAcentral.r script/update/pathway/DownloadKeggXML.r

script/update/pathway/nohup.out

script/update/protein/UpdateIproclass.r script/update/protein/log/2017-02-13_UpdateIproclass.r script/update/taxonomy/UpdateTaxonomy.r script/update/taxonomy/log/2015-06-10_UpdateHomologene.r script/update/taxonomy/log/2015-06-11_UpdateTaxonomy.r

script/update/taxonomy/nohup.out

script/update/update.r script/update/variant/JustSnpEff.r script/update/variant/LoadAnnoVar.r

script/update/variant/LoadAnnoVar.yml

script/update/variant/LoadG1k.r script/update/variant/ProcessCosmic.Rmd

script/update/variant/ProcessCosmic.html

script/update/variant/UpdateDbSNP.r

script/update/variant/UpdateDbSNP.sh

script/update/variant/log/2015-04-10_UpdateDbSNP.r script/update/variant/log/2015-04-11_UpdateDbSNP.r script/update/variant/log/2016-02-01_ProcessCosmic.Rmd script/update/variant/log/2016-02-24_LoadAnnoVar.r

script/update/variant/log/2016-02-24_LoadAnnoVar.yml

script/update/variant/log/2016-02-25_LoadAnnoVar.r

script/update/variant/log/2016-02-25_LoadAnnoVar.yml

script/update/variant/nohup.out

zhezhangsh/rchive documentation built on June 17, 2020, 3:55 a.m.