Introduction au package `ECPaysage`

In ECPaysage: A set of R resources to teach landscape ecology, landscape analysis and spatial statistics

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title: "Introduction au package ECPaysage" author: | | Jean-Pierre Rossi | INRA - CBGP, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations, Montpellier http://www6.montpellier.inra.fr/cbgp/ date: "r Sys.Date()" fontsize: 12pt output: pdf_document: fig_caption: no fig_height: 5 fig_width: 6 number_sections: yes toc: yes toc_depth: 4 vignette: > %\VignetteIndexEntry{introduction_ecpaysage} %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown} \usepackage[utf8]{inputenc}

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ECPaysage, versions de R et autres packages à installer

Le package ECPaysage doit être installé sur une version de R >= 3.2.2.

Il est également nécessaire d'avoir installé les packages suivants et leurs dépendances :

-mvtnorm

-RandomFields

-splancs

-FeedbackTS

-ape

-sp

-rgdal

-SDMTools

-maptools

-ade4

-raster

-gstat

-geoR

-R2jags

Pour R2jags il est également nécessaire d'installer JAGS (http://mcmc-jags.sourceforge.net/, voir documentation du package R2jags)

ECPaysage n'est pas dépendant de ces packages au sens strict du terme mais ceux-ci seront utilisés au cours des TDs.

Par exemple sous R tapez :

install.packages("nom du package", dependencies=TRUE)

Comment lire les données contenues dans ECPaysage

ECPaysage contient des jeux de données qui seront utilisés durant les TD de l'école chercheur. Certains jeux de données sont accessibles avec la fonction data d'autres sont stockés dans le dossier extdata qui se trouve dans le répertoire d'installation de R.

Chargez le package :

library(ECPaysage)

Par exemple tapez :

data(xy104pt)

xy104pt est un objet de la classe SpatialPoints (package sp)

head(xy104pt)

Les données cartographiques ont été stockées dans leur format natif (geotiff, shapefile...) et peuvent être chargées avec les fonctions classiques de lecture de ces fichiers.

Les données sont contenues dans le dossier extdata qui se trouve sur votre disque dur dans le dossier d'installation de R. On y accède en suivant le chemin indiqué par la fonction system.file

Tapez le code suivant pour savoir où se trouve ce dossier :

system.file("extdata", package="ECPaysage")

Ce que vous lisez ci-dessus est le chemin vers le dossier sur la machine qui compile ce manuel, vous lisez certainement autre chose pour votre propre machine.

Pour lire un fichier contenu dans le dossier extdata il faut connaître le chemin complet vers ce fichier. Par exemple, pour le fichier r.tif la fonction system.file indique :

system.file("extdata/r.tif", package="ECPaysage")

On peut lire ce fichier pour comme on le ferait pour n'importe quel autre fichier geotiff :

library(raster)
r <- raster(system.file("extdata/r.tif", package="ECPaysage")) 

r est un objet de la classe RasterLayer (package raster)

r

plot(r)

ECPaysage contient une série de fichiers (liste ci-dessous) dont le shapefile contours :

library(maptools)
contours <- readShapeSpatial(system.file("extdata/contours.shp", package="ECPaysage"))
contours

contours est un objet de la class SpatialPolygonsDataFrame (package sp)

plot(contours)

RasterLayer et SpatialPolygonsDataFrame peuvent être superposés avec la fonction plot de raster:

plot(r, axes=F, addfun=plot(contours, add=TRUE), box=F) 

Liste des jeux de données disponibles dans ECPaysage

Fichiers rasters (.tif) dans le dossier extdata/

r.tif

r est un raster de 528 par 841 pixel de résolution 50m. Le fichier décrit un paysage au nord de Montpellier (source IGN).

landuses:

1 : "Bati" 2 : "Broussailles" 3 : "Carriere decharge" 4 : "Eau libre" 5 : "Foret" 6 : "Prairie" 7 : "Rocher eboulis" 8 : "Sable gravier" 9 : "Vigne verger" 10 : "Zone d'activites"

ods_coteaux_2km_1_l93.tif

ods_coteaux_2km_1_l93.tif est un raster utilisé pour illustrer le fonctionnement du logiciel fragstat.

landuses:

0 : background 3 : cereale 4 : colza 5 : mais 6 : prairies 7 : proteol 8 : tournesol

l104pt_1.tif à l104pt_104.tif

Une série de 104 buffers circulaires de 600 m de rayon situés dans le raster r.

Fichiers shape (.shp) dans le dossier extdata/

BV_Bourdic RGF93.shp

contours.shp

Ce shapefile délimite le paysage décrit dans r.tif (voir plus haut).

fosses_Bourdic RGF93.shp

parcellaire_1962.shp

parcellaire_2009.shp

Données disponibles en utilisant la fonction data()

Tapez ?nom du jeu de données pour afficher la description.

DONBIN

DONPG

xy104pt

ECPaysage documentation built on May 2, 2019, 4:35 p.m.