inst/doc/BEAT.R

### R code from vignette source 'BEAT.Rnw'

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### code chunk number 1: showInput
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library(BEAT)
localpath <- system.file('extdata', package = 'BEAT')
positions <- read.csv(file.path(localpath, "sample.positions.csv"))
head(positions)


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### code chunk number 2: setFilepath
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sampNames <- c('reference','sample')
sampNames
is.reference <- c(TRUE, FALSE)


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### code chunk number 3: setSampleData
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pplus <- c(0.2, 0.5)
convrates <- 1 - pplus


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### code chunk number 4: setConfig
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params <- makeParams(localpath, sampNames, convrates,
is.reference, pminus = 0.2, regionSize = 10000, minCounts = 5)
params


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### code chunk number 5: doConvert
###################################################
positions_to_regions(params)


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### code chunk number 6: doModel
###################################################
generate_results(params)


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### code chunk number 7: doEpimutations
###################################################
epiCalls <- epimutation_calls(params)
head(epiCalls$methSites$singlecell,3)
head(epiCalls$demethSites$singlecell,3)

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BEAT documentation built on Nov. 8, 2020, 5:38 p.m.