inst/doc/tutorial.R

### R code from vignette source 'tutorial.Rnw'
### Encoding: UTF-8

###################################################
### code chunk number 1: tutorial.Rnw:19-20
###################################################
library(BridgeDbR)


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### code chunk number 2: tutorial.Rnw:43-45
###################################################
code = getOrganismCode("Rattus norvegicus")
code


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### code chunk number 3: tutorial.Rnw:58-62
###################################################
fullName <- getFullName("Ce")
fullName
code <- getSystemCode("ChEBI")
code


###################################################
### code chunk number 4: tutorial.Rnw:71-73
###################################################
getMatchingSources("HMDB00555")
getMatchingSources("ENSG00000100030")


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### code chunk number 5: tutorial.Rnw:83-84
###################################################
getBridgeNames()


###################################################
### code chunk number 6: tutorial.Rnw:93-94 (eval = FALSE)
###################################################
## dbLocation <- getDatabase("Rattus norvegicus",location=getwd())


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### code chunk number 7: tutorial.Rnw:105-106 (eval = FALSE)
###################################################
## mapper <- loadDatabase(dbLocation)


###################################################
### code chunk number 8: tutorial.Rnw:115-118 (eval = FALSE)
###################################################
## location <- getDatabase("Homo sapiens")
## mapper <- loadDatabase(location)
## map(mapper, "L", "196410", "X")

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