DNAcopy.R
In DNAcopy: DNA copy number data analysis

### R code from vignette source 'DNAcopy.Rnw'

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### code chunk number 1: DNAcopy.Rnw:74-75
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library(DNAcopy)


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### code chunk number 2: DNAcopy.Rnw:78-79
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data(coriell)


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### code chunk number 3: DNAcopy.Rnw:85-88
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CNA.object <- CNA(cbind(coriell$Coriell.05296),
                  coriell$Chromosome,coriell$Position,
                  data.type="logratio",sampleid="c05296")


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### code chunk number 4: DNAcopy.Rnw:96-97
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smoothed.CNA.object <- smooth.CNA(CNA.object)


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### code chunk number 5: DNAcopy.Rnw:105-106
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segment.smoothed.CNA.object <- segment(smoothed.CNA.object, verbose=1)


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### code chunk number 6: DNAcopy.Rnw:120-121
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plot(segment.smoothed.CNA.object, plot.type="w")


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### code chunk number 7: DNAcopy.Rnw:129-130
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plot(segment.smoothed.CNA.object, plot.type="s") 


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### code chunk number 8: DNAcopy.Rnw:157-158
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plot(segment.smoothed.CNA.object, plot.type="p")


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### code chunk number 9: DNAcopy.Rnw:169-172
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sdundo.CNA.object <- segment(smoothed.CNA.object, 
                             undo.splits="sdundo", 
                             undo.SD=3,verbose=1)


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### code chunk number 10: DNAcopy.Rnw:177-178
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plot(sdundo.CNA.object,plot.type="s")