LVSmiRNA.R
In LVSmiRNA: LVS normalization for Agilent miRNA data

### R code from vignette source 'LVSmiRNA.Rnw'

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### code chunk number 1: load.lib
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library(LVSmiRNA)



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### code chunk number 2: import
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dir.files <- system.file("extdata", package="LVSmiRNA")
taqman.data <- read.table(file.path(dir.files,"Comparison_Array.txt"),header=TRUE,as.is=TRUE)



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### code chunk number 3: read.mir (eval = FALSE)
###################################################
## 
## here.files <- "some/path/to/files"
## ## NOT RUN
## MIR <- read.mir(taqman.data,path=here.files)
## 


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### code chunk number 4: load
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data("MIR-spike-in")



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### code chunk number 5: estVC
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MIR.RA <- estVC(MIR)



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### code chunk number 6: MIR.RA
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data("MIR_RA")



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### code chunk number 7: plot
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plot(MIR.RA)



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### code chunk number 8: lvs
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MIR.lvs <- lvs(MIR,RA=MIR.RA)



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### code chunk number 9: boxplot
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boxplot(MIR.lvs)



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### code chunk number 10: summarize
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ex.1 <- summarize(MIR,RA=MIR.RA,method="rlm")
ex.2 <- summarize(MIR,method="medianpolish")



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### code chunk number 11: multicore (eval = FALSE)
###################################################
## 
## require(multicore)
## options(cores=8)
## 
## MIR.RA <- estVC(MIR)
## 


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### code chunk number 12: snow (eval = FALSE)
###################################################
## 
## require(snow)
## cl <- makeCluster(8,"SOCK")
## 
## MIR.RA <- estVC(MIR,clName=cl)
## 
## stopCluster(cl)
## 


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### code chunk number 13: mpi (eval = FALSE)
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## 
## cl <- makeCluster(8,"MPI")
## 
## MIR.RA <- estVC(MIR,clName=cl)
## 
## stopCluster(cl)
##