ROTS.R
In ROTS: Reproducibility-Optimized Test Statistic

### R code from vignette source 'ROTS.Rnw'

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### code chunk number 1: load
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library(ROTS)
data(upsSpikeIn)
input = upsSpikeIn


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### code chunk number 2: ROTS.Rnw:96-98
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groups = c(rep(0,3), rep(1,3))
groups


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### code chunk number 3: ROTS
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results = ROTS(data = input, groups = groups , B = 100 , K = 500 , seed = 1234)
names(results) 


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### code chunk number 4: summary
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summary(results, fdr = 0.05)


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### code chunk number 5: volcano
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plot(results, fdr = 0.05, type = "volcano")


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### code chunk number 6: heatmap
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plot(results, fdr = 0.05, type = "heatmap")