Vega.R
In Vega: An R package for copy number data segmentation

### R code from vignette source 'Vega.Rnw'

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### code chunk number 1: loadVega
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library(Vega)


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### code chunk number 2: loadG519Data
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data(G519)


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### code chunk number 3: printG519Data
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G519[1:16,]


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### code chunk number 4: runVegaWithSexChromosomes
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seg <- vega(CNVdata=G519, chromosomes=c(1:22,"X","Y"))


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### code chunk number 5: runVegaChromosomes_1_and_X
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seg_1X <- vega(CNVdata=G519, chromosomes=c(1,"X"))


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### code chunk number 6: printResults
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seg[1:5,]


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### code chunk number 7: plotAllChromosomes_LRR
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plotSegmentation(G519, seg, chromosomes=c(1:22,"X","Y"), opt=0)


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### code chunk number 8: PlotChromosome1_LRR
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plotSegmentation(G519, seg, chromosomes=c(1), opt=0)


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### code chunk number 9: PlotChromosome1_Label
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plotSegmentation(G519, seg, chromosomes=c(1), opt=1)