csaw: ChIP-Seq Analysis with Windows

Detection of differentially bound regions in ChIP-seq data with sliding windows, with methods for normalization and proper FDR control.

AuthorAaron Lun <alun@wehi.edu.au>, Gordon Smyth <smyth@wehi.edu.au>
Date of publicationNone
MaintainerAaron Lun <alun@wehi.edu.au>
LicenseGPL-3
Version1.8.0

View on Bioconductor

Functions

asDGEList Man page
asDGEList,SummarizedExperiment-method Man page
checkBimodality Man page
checkList Man page
clusterFDR Man page
clusterWindows Man page
combineOverlaps Man page
combineTests Man page
consolidateClusters Man page
consolidateSizes Man page
controlClusterFDR Man page
correlateReads Man page
csaw Man page
csawUsersGuide Man page
detailRanges Man page
extractReads Man page
filterWindows Man page
findMaxima Man page
getBestOverlaps Man page
getBestTest Man page
getPESizes Man page
getWidths Man page
maximizeCcf Man page
mergeWindows Man page
normalize Man page
normalize,SummarizedExperiment-method Man page
normOffsets Man page
normOffsets,matrix-method Man page
normOffsets,SummarizedExperiment-method Man page
profileSites Man page
readParam Man page
readParam-class Man page
$,readParam-method Man page
reform Man page
reformList Man page
reform,readParam-method Man page
regionCounts Man page
scaledAverage Man page
show,readParam-method Man page
strandedCounts Man page
summitOverlaps Man page
upweightSummit Man page
windowCounts Man page
wwhm Man page

Files

csaw/DESCRIPTION
csaw/NAMESPACE
csaw/R
csaw/R/asDGEList.R csaw/R/basefun.R csaw/R/checkBimodality.R csaw/R/clusterFDR.R csaw/R/clusterWindows.R csaw/R/combineTests.R csaw/R/consolidateSizes.R csaw/R/correlateReads.R csaw/R/csawUsersGuide.R csaw/R/detailRanges.R csaw/R/extractReads.R csaw/R/filterWindows.R csaw/R/findMaxima.R csaw/R/getBestTest.R csaw/R/getPESizes.R csaw/R/maximizeCcf.R csaw/R/mergeWindows.R csaw/R/normOffsets.R csaw/R/overlapStats.R csaw/R/paramList.R csaw/R/profileSites.R csaw/R/readParam.R csaw/R/regionCounts.R csaw/R/scaledAverage.R csaw/R/strandedCounts.R csaw/R/upweightSummit.R csaw/R/windowCounts.R
csaw/build
csaw/build/vignette.rds
csaw/inst
csaw/inst/CITATION
csaw/inst/NEWS.Rd
csaw/inst/doc
csaw/inst/doc/csaw.Rnw
csaw/inst/doc/csaw.pdf
csaw/inst/doc/csawUserGuide.pdf
csaw/inst/doc/sra2bam.sh
csaw/inst/exdata
csaw/inst/exdata/autogen.R
csaw/inst/exdata/exrange.rds
csaw/inst/exdata/pet.bam
csaw/inst/exdata/pet.bam.bai
csaw/inst/exdata/pet.sam
csaw/inst/exdata/rep1.bam
csaw/inst/exdata/rep1.bam.bai
csaw/inst/exdata/rep2.bam
csaw/inst/exdata/rep2.bam.bai
csaw/inst/tests
csaw/inst/tests/run_all_tests.sh
csaw/inst/tests/simsam.R
csaw/inst/tests/test-best.R
csaw/inst/tests/test-best.Rout.save
csaw/inst/tests/test-bimodal.R
csaw/inst/tests/test-bimodal.Rout.save
csaw/inst/tests/test-ccf.R
csaw/inst/tests/test-ccf.Rout.save
csaw/inst/tests/test-chip.R
csaw/inst/tests/test-chip.Rout.save
csaw/inst/tests/test-cluster.R
csaw/inst/tests/test-cluster.Rout.save
csaw/inst/tests/test-combine.R
csaw/inst/tests/test-combine.Rout.save
csaw/inst/tests/test-cons.R
csaw/inst/tests/test-cons.Rout.save
csaw/inst/tests/test-detail.R
csaw/inst/tests/test-detail.Rout.save
csaw/inst/tests/test-empty.R
csaw/inst/tests/test-empty.Rout.save
csaw/inst/tests/test-filter.R
csaw/inst/tests/test-filter.Rout.save
csaw/inst/tests/test-maxima.R
csaw/inst/tests/test-maxima.Rout.save
csaw/inst/tests/test-merge.R
csaw/inst/tests/test-merge.Rout.save
csaw/inst/tests/test-overlap.R
csaw/inst/tests/test-overlap.Rout.save
csaw/inst/tests/test-pet3.R
csaw/inst/tests/test-pet3.Rout.save
csaw/inst/tests/test-profile.R
csaw/inst/tests/test-profile.Rout.save
csaw/inst/tests/test-region.R
csaw/inst/tests/test-region.Rout.save
csaw/man
csaw/man/SEmethods.Rd csaw/man/checkBimodality.Rd csaw/man/clusterFDR.Rd csaw/man/clusterWindows.Rd csaw/man/combineTests.Rd csaw/man/consolidateClusters.Rd csaw/man/consolidateSizes.Rd csaw/man/correlateReads.Rd csaw/man/csawUsersGuide.Rd csaw/man/detailRanges.Rd csaw/man/extractReads.Rd csaw/man/filterWindows.Rd csaw/man/findMaxima.Rd csaw/man/getBestTest.Rd csaw/man/getPESizes.Rd csaw/man/getWidths.Rd csaw/man/maximizeCcf.Rd csaw/man/mergeWindows.Rd csaw/man/normOffsets.Rd csaw/man/overlapStats.Rd csaw/man/paramList.Rd csaw/man/profileSites.Rd csaw/man/readParam.Rd csaw/man/regionCounts.Rd csaw/man/scaledAverage.Rd csaw/man/strandedCounts.Rd csaw/man/upweightSummit.Rd csaw/man/windowCounts.Rd csaw/man/wwhm.Rd
csaw/src
csaw/src/Makevars
csaw/src/Makevars.win
csaw/src/annotator.cpp
csaw/src/bam_utils.cpp
csaw/src/bam_utils.h
csaw/src/best_in_cluster.cpp
csaw/src/check_bimodality.cpp
csaw/src/correlate_reads.cpp
csaw/src/csaw.h
csaw/src/find_maxima.cpp
csaw/src/get_cluster_stats.cpp
csaw/src/get_profile.cpp
csaw/src/get_rle_counts.cpp
csaw/src/init.cpp
csaw/src/merge_windows.cpp
csaw/src/pair_reads.cpp
csaw/src/single_reads.cpp
csaw/tests
csaw/tests/test-basic.R
csaw/tests/test-basic.Rout.save
csaw/vignettes
csaw/vignettes/csaw.Rnw

Questions? Problems? Suggestions? or email at ian@mutexlabs.com.

Please suggest features or report bugs with the GitHub issue tracker.

All documentation is copyright its authors; we didn't write any of that.