csaw: ChIP-Seq Analysis with Windows

Detection of differentially bound regions in ChIP-seq data with sliding windows, with methods for normalization and proper FDR control.

AuthorAaron Lun <alun@wehi.edu.au>, Gordon Smyth <smyth@wehi.edu.au>
Date of publicationNone
MaintainerAaron Lun <alun@wehi.edu.au>
LicenseGPL-3
Version1.8.0

View on Bioconductor

Files in this package

csaw/DESCRIPTION
csaw/NAMESPACE
csaw/R
csaw/R/asDGEList.R csaw/R/basefun.R csaw/R/checkBimodality.R csaw/R/clusterFDR.R csaw/R/clusterWindows.R csaw/R/combineTests.R csaw/R/consolidateSizes.R csaw/R/correlateReads.R csaw/R/csawUsersGuide.R csaw/R/detailRanges.R csaw/R/extractReads.R csaw/R/filterWindows.R csaw/R/findMaxima.R csaw/R/getBestTest.R csaw/R/getPESizes.R csaw/R/maximizeCcf.R csaw/R/mergeWindows.R csaw/R/normOffsets.R csaw/R/overlapStats.R csaw/R/paramList.R csaw/R/profileSites.R csaw/R/readParam.R csaw/R/regionCounts.R csaw/R/scaledAverage.R csaw/R/strandedCounts.R csaw/R/upweightSummit.R csaw/R/windowCounts.R
csaw/build
csaw/build/vignette.rds
csaw/inst
csaw/inst/CITATION
csaw/inst/NEWS.Rd
csaw/inst/doc
csaw/inst/doc/csaw.Rnw
csaw/inst/doc/csaw.pdf
csaw/inst/doc/csawUserGuide.pdf
csaw/inst/doc/sra2bam.sh
csaw/inst/exdata
csaw/inst/exdata/autogen.R
csaw/inst/exdata/exrange.rds
csaw/inst/exdata/pet.bam
csaw/inst/exdata/pet.bam.bai
csaw/inst/exdata/pet.sam
csaw/inst/exdata/rep1.bam
csaw/inst/exdata/rep1.bam.bai
csaw/inst/exdata/rep2.bam
csaw/inst/exdata/rep2.bam.bai
csaw/inst/tests
csaw/inst/tests/run_all_tests.sh
csaw/inst/tests/simsam.R
csaw/inst/tests/test-best.R
csaw/inst/tests/test-best.Rout.save
csaw/inst/tests/test-bimodal.R
csaw/inst/tests/test-bimodal.Rout.save
csaw/inst/tests/test-ccf.R
csaw/inst/tests/test-ccf.Rout.save
csaw/inst/tests/test-chip.R
csaw/inst/tests/test-chip.Rout.save
csaw/inst/tests/test-cluster.R
csaw/inst/tests/test-cluster.Rout.save
csaw/inst/tests/test-combine.R
csaw/inst/tests/test-combine.Rout.save
csaw/inst/tests/test-cons.R
csaw/inst/tests/test-cons.Rout.save
csaw/inst/tests/test-detail.R
csaw/inst/tests/test-detail.Rout.save
csaw/inst/tests/test-empty.R
csaw/inst/tests/test-empty.Rout.save
csaw/inst/tests/test-filter.R
csaw/inst/tests/test-filter.Rout.save
csaw/inst/tests/test-maxima.R
csaw/inst/tests/test-maxima.Rout.save
csaw/inst/tests/test-merge.R
csaw/inst/tests/test-merge.Rout.save
csaw/inst/tests/test-overlap.R
csaw/inst/tests/test-overlap.Rout.save
csaw/inst/tests/test-pet3.R
csaw/inst/tests/test-pet3.Rout.save
csaw/inst/tests/test-profile.R
csaw/inst/tests/test-profile.Rout.save
csaw/inst/tests/test-region.R
csaw/inst/tests/test-region.Rout.save
csaw/man
csaw/man/SEmethods.Rd csaw/man/checkBimodality.Rd csaw/man/clusterFDR.Rd csaw/man/clusterWindows.Rd csaw/man/combineTests.Rd csaw/man/consolidateClusters.Rd csaw/man/consolidateSizes.Rd csaw/man/correlateReads.Rd csaw/man/csawUsersGuide.Rd csaw/man/detailRanges.Rd csaw/man/extractReads.Rd csaw/man/filterWindows.Rd csaw/man/findMaxima.Rd csaw/man/getBestTest.Rd csaw/man/getPESizes.Rd csaw/man/getWidths.Rd csaw/man/maximizeCcf.Rd csaw/man/mergeWindows.Rd csaw/man/normOffsets.Rd csaw/man/overlapStats.Rd csaw/man/paramList.Rd csaw/man/profileSites.Rd csaw/man/readParam.Rd csaw/man/regionCounts.Rd csaw/man/scaledAverage.Rd csaw/man/strandedCounts.Rd csaw/man/upweightSummit.Rd csaw/man/windowCounts.Rd csaw/man/wwhm.Rd
csaw/src
csaw/src/Makevars
csaw/src/Makevars.win
csaw/src/annotator.cpp
csaw/src/bam_utils.cpp
csaw/src/bam_utils.h
csaw/src/best_in_cluster.cpp
csaw/src/check_bimodality.cpp
csaw/src/correlate_reads.cpp
csaw/src/csaw.h
csaw/src/find_maxima.cpp
csaw/src/get_cluster_stats.cpp
csaw/src/get_profile.cpp
csaw/src/get_rle_counts.cpp
csaw/src/init.cpp
csaw/src/merge_windows.cpp
csaw/src/pair_reads.cpp
csaw/src/single_reads.cpp
csaw/tests
csaw/tests/test-basic.R
csaw/tests/test-basic.Rout.save
csaw/vignettes
csaw/vignettes/csaw.Rnw

Questions? Problems? Suggestions? or email at ian@mutexlabs.com.

All documentation is copyright its authors; we didn't write any of that.