cycle.R
In cycle: Significance of periodic expression pattern in time-series data

### R code from vignette source 'cycle.Rnw'

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### code chunk number 1: cycle.Rnw:39-40
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  library(cycle) 


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### code chunk number 2: cycle.Rnw:43-44
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set.seed(1)


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### code chunk number 3: cycle.Rnw:53-55
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data(yeast)
  yeast <- yeast[1:200,]


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### code chunk number 4: cycle.Rnw:63-64
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yeast <- filter.NA(yeast, thres=0.25)


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### code chunk number 5: cycle.Rnw:73-74
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yeast <- fill.NA(yeast,mode="mean")


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### code chunk number 6: cycle.Rnw:85-86
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yeast <- standardise(yeast)


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### code chunk number 7: cycle.Rnw:100-105
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auto.corr <- 0
for (i in 2:dim(exprs(yeast))[[2]]){
 auto.corr[i] <- cor(exprs(yeast)[,i-1],exprs(yeast)[,i])
 }
auto.corr 


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### code chunk number 8: cycle.Rnw:125-126
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T.yeast <- 85  


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### code chunk number 9: cycle.Rnw:132-134
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times.yeast <-  pData(yeast)$time 
times.yeast


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### code chunk number 10: cycle.Rnw:145-146
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NN <- 100 


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### code chunk number 11: cycle.Rnw:155-156
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fdr.rr <- fdrfourier(eset=yeast,T=T.yeast,times=times.yeast,background.model="rr",N=NN,progress=FALSE)


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### code chunk number 12: cycle.Rnw:165-166
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fdr.ar1 <- fdrfourier(eset=yeast,T=T.yeast,times=times.yeast,background.model="ar1",N=NN,progress=FALSE)


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### code chunk number 13: cycle.Rnw:178-180
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sum(fdr.rr$fdr < 0.25) 
sum(fdr.ar1$fdr < 0.25)


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### code chunk number 14: cycle.Rnw:186-187
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fdr.ar1$fdr[which(fdr.ar1$fdr < 0.25)]