dpeak-example.R
In dpeak: dPeak (Deconvolution of Peaks in ChIP-seq Analysis)

### R code from vignette source 'dpeak-example.Rnw'

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### code chunk number 1: installation
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if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("dpeak")


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### code chunk number 2: preliminaries
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options(prompt = "R> ")


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### code chunk number 3: dpeak-prelim
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library("dpeak")


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### code chunk number 4: dpeakread (eval = FALSE)
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## exampleData <- dpeakRead( peakfile="examplePeak.txt", readfile="exampleSETRead.txt",
##     fileFormat="eland_result", PET=FALSE, fragLen=150 )


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### code chunk number 5: dpearead-saved
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data(exampleData)


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### code chunk number 6: dpeakdata-show
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exampleData


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### code chunk number 7: dpeakdata-plot (eval = FALSE)
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## exportPlot( exampleData, filename="examplePlot_combined.pdf",
## 	strand=FALSE )
## exportPlot( exampleData, filename="examplePlot_strand_1.pdf",
## 	strand=TRUE, extension=1, smoothing=TRUE )


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### code chunk number 8: dpeakfit
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exampleFit <- dpeakFit( exampleData, maxComp=5)


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### code chunk number 9: dpeakfit-show
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exampleFit


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### code chunk number 10: dpeakfit-plot (eval = FALSE)
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## exportPlot( exampleFit, filename="exampleResult_combined.pdf" )
## exportPlot( exampleFit, filename="exampleResult_strand_1.pdf",
## 	strand=TRUE, extension=1, smoothing=TRUE )
## exportPlot( exampleFit, filename="exGOF.pdf", plotType="GOF" )


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### code chunk number 11: dpeakfit-export
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exportPeakList( exampleFit, type="txt", filename="result.txt" )
exportPeakList( exampleFit, type="bed", filename="result.bed" )
exportPeakList( exampleFit, type="gff", filename="result.gff" )