inst/doc/clusterGraph.R

In graph: graph: A package to handle graph data structures

### R code from vignette source 'clusterGraph.Rnw'

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### code chunk number 1: clustering
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library("graph")
library("cluster")
data(ruspini)

pm <- pam(ruspini, 4)

cG <- new("clusterGraph",
     clusters = split(names(pm$clustering), pm$clustering))


nodes(cG)


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### code chunk number 2: kmeans
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library(stats)

km = kmeans(ruspini, 4)
cG.km = new("clusterGraph",
      clusters=split(as.character(1:75), km$cluster))

inBoth = intersection(cG.km, cG)


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### code chunk number 3: clusterGraph.Rnw:95-106
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d1 = dist(ruspini)
dG = new("distGraph", Dist=d1)

rl = NULL
j=1
for(i in c(40, 30, 10, 5) ){
  nG = threshold(dG, i)
  rl[[j]] = connComp(nG)
  j=j+1
}


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### code chunk number 4: howmany
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sapply(rl, length)



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### code chunk number 5: somecomps
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 dr = range(d1)
 rl.lens = sapply(rl[[4]], length)