lapmix-example.R
In lapmix: Laplace Mixture Model in Microarray Experiments

### R code from vignette source 'lapmix-example.Rnw'

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### code chunk number 1: library
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library(lapmix)


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### code chunk number 2: sim
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set.seed(1011)
G <- 3000
Y <- NULL
sigma_sq <- 1/rgamma(G, shape=2.8, scale=0.04)
mu <- rexp(G, rate=1/(sigma_sq*1.2))-rexp(G, rate=1/(sigma_sq*1.2))
is.diff <- sample(c(0,1), replace=TRUE, prob=c(0.9,0.1), size=G)
mu <- mu*is.diff
for(g in 1:G)
	Y <- rbind(Y, rnorm(4,mu[g], sd=sqrt(sigma_sq[g])))


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### code chunk number 3: fit
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res <- lapmix.Fit(Y)


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### code chunk number 4: estimates
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res$estimates


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### code chunk number 5: table
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m <- 12
laptopTable(res, m)


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### code chunk number 6: lapmix-example.Rnw:57-58
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lap.volcanoplot(res)


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### code chunk number 7: fitasym
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res2 <- lapmix.Fit(Y, asym=TRUE)
res2$estimates