MeSH.R
In meshr: Tools for conducting enrichment analysis of MeSH

### R code from vignette source 'MeSH.Rnw'

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### code chunk number 1: MeSH.Rnw:151-152 (eval = FALSE)
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## library(MeSH.db)


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### code chunk number 2: MeSH.Rnw:158-160 (eval = FALSE)
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## ls("package:MeSH.db")
## MeSH.db


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### code chunk number 3: MeSH.Rnw:168-169 (eval = FALSE)
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## columns(MeSH.db)


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### code chunk number 4: MeSH.Rnw:176-177 (eval = FALSE)
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## keytypes(MeSH.db)


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### code chunk number 5: MeSH.Rnw:184-187 (eval = FALSE)
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## k <- keys(MeSH.db, keytype="MESHID")
## length(k)
## head(k)


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### code chunk number 6: MeSH.Rnw:193-195 (eval = FALSE)
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## select(MeSH.db, keys=k[1:10], columns=c("MESHID","MESHTERM"),
##        keytype="MESHID")


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### code chunk number 7: MeSH.Rnw:206-209 (eval = FALSE)
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## LEU <- select(MeSH.db, keys="Leukemia",
##               columns=c("MESHID", "MESHTERM", "CATEGORY", "SYNONYM"), keytype="MESHTERM")
## LEU


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### code chunk number 8: MeSH.Rnw:218-222 (eval = FALSE)
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## library("MeSH.AOR.db")
## ANC <- select(MeSH.AOR.db, keys="D007938",
##         columns=c("ANCESTOR","OFFSPRING"), keytype="OFFSPRING")
## ANC


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### code chunk number 9: MeSH.Rnw:229-230 (eval = FALSE)
###################################################
## select(MeSH.db, keys=ANC[1,1], columns=c("MESHTERM"), keytype="MESHID")


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### code chunk number 10: MeSH.Rnw:237-241 (eval = FALSE)
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## OFF <- select(MeSH.AOR.db, keys="D007938",
##        columns=c("ANCESTOR","OFFSPRING"), keytype="ANCESTOR")
## OFF
## select(MeSH.db, keys=OFF[,2], columns=c("MESHTERM"), keytype="MESHID")


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### code chunk number 11: MeSH.Rnw:248-253 (eval = FALSE)
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## library("MeSH.PCR.db")
## CHI <- select(MeSH.PCR.db, keys=LEU[1,1],
##        columns=c("PARENT","CHILD"), keytype="PARENT")
## head(CHI)
## head(select(MeSH.db, keys=CHI[,2], columns=c("MESHTERM"), keytype="MESHID"))


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### code chunk number 12: MeSH.Rnw:266-270 (eval = FALSE)
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## dbInfo(MeSH.db)
## dbfile(MeSH.db)
## dbschema(MeSH.db)
## dbconn(MeSH.db)


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### code chunk number 13: MeSH.Rnw:276-297 (eval = FALSE)
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## library("RSQLite")
## SQL1 <- paste(
##   "SELECT MESHTERM, QUALIFIERID, QUALIFIER FROM DATA",
##   "WHERE MESHID = 'D000001'",
##   "AND QUALIFIERID = 'Q000494'"
## )
## dbGetQuery(dbconn(MeSH.db), SQL1)
## SQL2 <- paste(
##   "SELECT ANCESTOR, OFFSPRING FROM DATA",
##   "WHERE OFFSPRING = 'D000002'",
##   "OR OFFSPRING = 'D000003'",
##   "OR OFFSPRING = 'D000004'",
##   "OR ANCESTOR = 'D009275'"
## )
## dbGetQuery(dbconn(MeSH.AOR.db), SQL2)
## SQL3 <- paste(
##   "SELECT PARENT, CHILD FROM DATA",
##   "WHERE PARENT = 'D000005'",
##   "AND NOT CHILD = 'D004312'"
## )
## dbGetQuery(dbconn(MeSH.PCR.db), SQL3)


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### code chunk number 14: MeSH.Rnw:307-313 (eval = FALSE)
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## library("MeSH.Hsa.eg.db")
## columns(MeSH.Hsa.eg.db)
## keytypes(MeSH.Hsa.eg.db)
## key_HSA <- keys(MeSH.Hsa.eg.db, keytype="MESHID")
## select(MeSH.db, keys=key_HSA[1:10], columns=c("MESHID","MESHTERM"),
##        keytype="MESHID")


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### code chunk number 15: MeSH.Rnw:319-332 (eval = FALSE)
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## library("MeSH.Aca.eg.db")
## library("MeSH.Bsu.168.eg.db")
## library("MeSH.Syn.eg.db")
## 
## species(MeSH.Hsa.eg.db)
## species(MeSH.Aca.eg.db)
## species(MeSH.Bsu.168.eg.db)
## species(MeSH.Syn.eg.db)
## 
## nomenclature(MeSH.Hsa.eg.db)
## nomenclature(MeSH.Aca.eg.db)
## nomenclature(MeSH.Bsu.168.eg.db)
## nomenclature(MeSH.Syn.eg.db)


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### code chunk number 16: MeSH.Rnw:339-343 (eval = FALSE)
###################################################
## listDatabases(MeSH.Hsa.eg.db)
## listDatabases(MeSH.Aca.eg.db)
## listDatabases(MeSH.Bsu.168.eg.db)
## listDatabases(MeSH.Syn.eg.db)


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### code chunk number 17: MeSH.Rnw:353-355
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library("MeSHDbi")
example("makeGeneMeSHPackage")


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### code chunk number 18: MeSH.Rnw:371-374 (eval = FALSE)
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## library("meshr")
## data(geneid.cummeRbund)
## data(sig.geneid.cummeRbund)


###################################################
### code chunk number 19: MeSH.Rnw:382-384 (eval = FALSE)
###################################################
## dim(geneid.cummeRbund)[1]
## dim(sig.geneid.cummeRbund)[1]


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### code chunk number 20: MeSH.Rnw:391-393 (eval = FALSE)
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## library("fdrtool")
## library("MeSH.Hsa.eg.db")


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### code chunk number 21: MeSH.Rnw:404-406 (eval = FALSE)
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## meshParams <- new("MeSHHyperGParams", geneIds=sig.geneid.cummeRbund[,2], universeGeneIds=geneid.cummeRbund[,2],
##                   annotation="MeSH.Hsa.eg.db", category="C", database="gendoo", pvalueCutoff=0.05, pAdjust="none")


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### code chunk number 22: MeSH.Rnw:413-414 (eval = FALSE)
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## meshR <- meshHyperGTest(meshParams)


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### code chunk number 23: MeSH.Rnw:422-423 (eval = FALSE)
###################################################
## meshR


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### code chunk number 24: MeSH.Rnw:431-432 (eval = FALSE)
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## head(summary(meshR))


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### code chunk number 25: MeSH.Rnw:440-444 (eval = FALSE)
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## category(meshParams) <- "G"
## database(meshParams) <- "gene2pubmed"
## meshR <- meshHyperGTest(meshParams)
## meshR


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### code chunk number 26: session
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sessionInfo()