missingValues.R
In pcaMethods: A collection of PCA methods

### R code from vignette source 'missingValues.Rnw'

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### code chunk number 1: missingValues.Rnw:43-44
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library(pcaMethods)


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### code chunk number 2: missingValues.Rnw:46-49
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data(metaboliteData)
mD <- metaboliteData
sum(is.na(mD))


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### code chunk number 3: missingValues.Rnw:52-54
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pc <- pca(mD, nPcs=3, method="ppca")
imputed <- completeObs(pc)


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### code chunk number 4: missingValues.Rnw:58-61
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data(metaboliteDataComplete)
mdComp <- metaboliteDataComplete
sum((mdComp[is.na(mD)] - imputed[is.na(mD)])^2) / sum(mdComp[is.na(mD)]^2)


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### code chunk number 5: missingValues.Rnw:64-66
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imputedNipals <- completeObs(pca(mD, nPcs=3, method="nipals"))
sum((mdComp[is.na(mD)] - imputedNipals[is.na(mD)])^2) / sum(mdComp[is.na(mD)]^2)


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### code chunk number 6: missingValues.Rnw:71-80
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library(Biobase)
data(sample.ExpressionSet)
exSet <- sample.ExpressionSet
exSetNa <- exSet
exprs(exSetNa)[sample(13000, 200)] <- NA
lost <- is.na(exprs(exSetNa))
pc <- pca(exSetNa, nPcs=2, method="ppca")
impExSet <- asExprSet(pc, exSetNa)
sum((exprs(exSet)[lost] - exprs(impExSet)[lost])^2) / sum(exprs(exSet)[lost]^2)