tsp.R
In tspair: Top Scoring Pairs for Microarray Classification

### R code from vignette source 'tsp.Rnw'

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### code chunk number 1: tsp.Rnw:55-58
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library(tspair)
data(tspdata)
dim(dat)


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### code chunk number 2: tsp.Rnw:66-68
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tsp1 <- tspcalc(dat,grp)
tsp1


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### code chunk number 3: tsp.Rnw:75-77
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tsp2 <- tspcalc(eSet1,grp)
tsp3 <- tspcalc(eSet1,1)


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### code chunk number 4: tsp.Rnw:84-85
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tspplot(tsp1)


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### code chunk number 5: tsp.Rnw:95-98
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out <- tspsig(dat,grp,B=50,seed=12355)
out$p
out$nullscores


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### code chunk number 6: tsp.Rnw:106-107
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summary(tsp1,printall=TRUE) 


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### code chunk number 7: tsp.Rnw:112-114
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predict(tsp1,eSet2)
predict(tsp1,dat2)


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### code chunk number 8: tsp.Rnw:121-133
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narrays <- ncol(dat)
correct.prediction <- rep(TRUE,narrays)

for(i in 1:narrays){
	testdat <- dat[ , -i]
	testgrp <- grp[-i]
	tsptest <- tspcalc(testdat,testgrp)
	prediction <- predict(tsptest,dat)[i]
	correct.prediction[i] <- prediction == grp[i]
}
cv.error <- mean(correct.prediction==FALSE)
cv.error