tweeDEseq: RNA-seq data analysis using the Poisson-Tweedie family of distributions

Differential expression analysis of RNA-seq using the Poisson-Tweedie family of distributions.

AuthorJuan R Gonzalez <jrgonzalez@creal.cat> and Mikel Esnaola <mesnaola@creal.cat> (with contributions from Robert Castelo <robert.castelo@upf.edu>)
Date of publicationNone
MaintainerJuan R Gonzalez <jrgonzalez@creal.cat>
LicenseGPL (>= 2)
Version1.20.0
http://www.creal.cat/jrgonzalez/software.htm

View on Bioconductor

Files

tweeDEseq/DESCRIPTION
tweeDEseq/NAMESPACE
tweeDEseq/R
tweeDEseq/R/L.R tweeDEseq/R/MAplot.tweeDE.R tweeDEseq/R/Vplot.tweeDE.R tweeDEseq/R/compareCountDist.R tweeDEseq/R/confint.mlePT.R tweeDEseq/R/dPT.R tweeDEseq/R/exactTestPT.R tweeDEseq/R/firstlib.R tweeDEseq/R/gammratio.R tweeDEseq/R/getParam.R tweeDEseq/R/glmPT.R tweeDEseq/R/gofTest.R tweeDEseq/R/logLik.mlePT.R tweeDEseq/R/loglikGlmPT.R tweeDEseq/R/loglikPoissonTweedie.R tweeDEseq/R/mlePoissonTweedie.R tweeDEseq/R/momentEstimates.R tweeDEseq/R/normalizeCounts.R tweeDEseq/R/parameterization.R tweeDEseq/R/print.mlePT.R tweeDEseq/R/print.tweeDE.R tweeDEseq/R/qqchisq.R tweeDEseq/R/rPT.R tweeDEseq/R/shapeTrend.R tweeDEseq/R/testPoissonTweedie.R tweeDEseq/R/testShapePT.R tweeDEseq/R/tweeDE.R tweeDEseq/R/tweeDEglm.R tweeDEseq/R/tweeDExact.R
tweeDEseq/build
tweeDEseq/build/vignette.rds
tweeDEseq/data
tweeDEseq/data/seizure.rda
tweeDEseq/inst
tweeDEseq/inst/CITATION
tweeDEseq/inst/doc
tweeDEseq/inst/doc/tweeDEseq.R
tweeDEseq/inst/doc/tweeDEseq.Rnw
tweeDEseq/inst/doc/tweeDEseq.pdf
tweeDEseq/man
tweeDEseq/man/compareCountDistributions.Rd tweeDEseq/man/distPoissonTweedie.Rd tweeDEseq/man/filterCounts.Rd tweeDEseq/man/glmPT.Rd tweeDEseq/man/gofTest.Rd tweeDEseq/man/mlePoissonTweedie.Rd tweeDEseq/man/normalizeCounts.Rd tweeDEseq/man/print.mlePT.Rd tweeDEseq/man/qqchisq.Rd tweeDEseq/man/seizure.Rd tweeDEseq/man/testShapePT.Rd tweeDEseq/man/tweeDE.Rd tweeDEseq/man/tweeDEseq-internal.Rd tweeDEseq/man/tweeDExact.Rd
tweeDEseq/src
tweeDEseq/src/cov_wt_C.c
tweeDEseq/src/init_tweeDEseq.c
tweeDEseq/src/loglikGlm.c
tweeDEseq/src/logprobs.c
tweeDEseq/src/permtest.c
tweeDEseq/src/probs.c
tweeDEseq/src/tweeDEseq.h
tweeDEseq/src/zhu2.c
tweeDEseq/src/zhu3.c
tweeDEseq/vignettes
tweeDEseq/vignettes/tweeDEseq.Rnw
tweeDEseq/vignettes/tweeDEseq.bib

Questions? Problems? Suggestions? or email at ian@mutexlabs.com.

Please suggest features or report bugs with the GitHub issue tracker.

All documentation is copyright its authors; we didn't write any of that.