Nothing
#Find Longest Seq Test for a large number of accessions to test limit.
#Expect that the longest seq for A. christyi is accesseion
# number KT691775.1 is the longest of 1366 bp. These are non-homologous
#UCE loci, but a lot of them, so try it anyways. Note, tests have had
#issues on CRAN, so if a stable connection cannot be reached with the
#database, the test will skip.
test_that("More than max query works to find longest seq",{
Achrist<-structure(list(V1 = structure(1:1041, .Label = c("KT634321",
"KT634377", "KT634433", "KT634488", "KT634544", "KT634600",
"KT634655", "KT634711", "KT634759", "KT634814", "KT634869",
"KT634925", "KT635003", "KT635059", "KT635168", "KT635222",
"KT635278", "KT635334", "KT635444", "KT635500", "KT635556",
"KT635612", "KT635668", "KT635724", "KT635780", "KT635835",
"KT635887", "KT635941", "KT635996", "KT636052", "KT636108",
"KT636178", "KT636232", "KT636288", "KT636344", "KT636399",
"KT636455", "KT636502", "KT636576", "KT636632", "KT636687",
"KT636742", "KT636798", "KT636854", "KT636903", "KT636958",
"KT637014", "KT637070", "KT637125", "KT637180", "KT637214",
"KT637270", "KT637325", "KT637380", "KT637436", "KT637488",
"KT637543", "KT637598", "KT637654", "KT637710", "KT637766",
"KT637822", "KT637878", "KT637934", "KT637989", "KT638043",
"KT638097", "KT638153", "KT638208", "KT638263", "KT638313",
"KT638369", "KT638424", "KT638466", "KT638521", "KT638577",
"KT638633", "KT638689", "KT638741", "KT638797", "KT638849",
"KT638905", "KT638959", "KT638981", "KT639054", "KT639115",
"KT639167", "KT639221", "KT639277", "KT639331", "KT639387",
"KT639490", "KT639545", "KT639601", "KT639656", "KT639711",
"KT639767", "KT639823", "KT639876", "KT639932", "KT639988",
"KT640011", "KT640066", "KT640120", "KT640176", "KT640225",
"KT640385", "KT640441", "KT640497", "KT640552", "KT640608",
"KT640662", "KT640715", "KT640771", "KT640827", "KT640883",
"KT640929", "KT640983", "KT641039", "KT641094", "KT641149",
"KT641199", "KT641255", "KT641311", "KT641367", "KT641420",
"KT641528", "KT641584", "KT641688", "KT641744", "KT641799",
"KT641854", "KT641910", "KT641966", "KT642022", "KT642074",
"KT642119", "KT642175", "KT642231", "KT642286", "KT642337",
"KT642393", "KT642449", "KT642505", "KT642561", "KT642617",
"KT642673", "KT642729", "KT642785", "KT642836", "KT642892",
"KT642948", "KT643004", "KT643059", "KT643114", "KT643170",
"KT643221", "KT643277", "KT643350", "KT643406", "KT643462",
"KT643517", "KT643573", "KT643629", "KT643685", "KT643766",
"KT643820", "KT643875", "KT643930", "KT643986", "KT644042",
"KT644097", "KT644153", "KT644209", "KT644264", "KT644317",
"KT644373", "KT644429", "KT644485", "KT644541", "KT644596",
"KT644652", "KT644705", "KT644761", "KT644816", "KT644872",
"KT644928", "KT644981", "KT645036", "KT645091", "KT645146",
"KT645202", "KT645256", "KT645312", "KT645368", "KT645424",
"KT645479", "KT645534", "KT645589", "KT645645", "KT645698",
"KT645754", "KT645810", "KT645866", "KT645922", "KT645978",
"KT646034", "KT646089", "KT646145", "KT646200", "KT646256",
"KT646312", "KT646390", "KT646446", "KT646502", "KT646558",
"KT646613", "KT646669", "KT646777", "KT646831", "KT646887",
"KT646943", "KT646996", "KT647052", "KT647108", "KT647164",
"KT647220", "KT647276", "KT647332", "KT647388", "KT647443",
"KT647494", "KT647547", "KT647603", "KT647659", "KT647714",
"KT647760", "KT647813", "KT647869", "KT647925", "KT647981",
"KT648037", "KT648092", "KT648146", "KT648202", "KT648258",
"KT648311", "KT648363", "KT648465", "KT648519", "KT648573",
"KT648629", "KT648685", "KT648741", "KT648795", "KT648848",
"KT648904", "KT648976", "KT649032", "KT649088", "KT649143",
"KT649199", "KT649253", "KT649308", "KT649403", "KT649459",
"KT649515", "KT649571", "KT649626", "KT649682", "KT649737",
"KT649793", "KT649849", "KT649903", "KT649959", "KT650014",
"KT650070", "KT650110", "KT650207", "KT650262", "KT650314",
"KT650368", "KT650408", "KT650463", "KT650518", "KT650574",
"KT650630", "KT650685", "KT650739", "KT650795", "KT650851",
"KT650902", "KT650958", "KT651011", "KT651066", "KT651122",
"KT651177", "KT651233", "KT651289", "KT651344", "KT651399",
"KT651437", "KT651493", "KT651549", "KT651605", "KT651661",
"KT651715", "KT651770", "KT651826", "KT651882", "KT651937",
"KT651993", "KT652049", "KT652105", "KT652160", "KT652216",
"KT652270", "KT652323", "KT652379", "KT652434", "KT652507",
"KT652563", "KT652623", "KT652679", "KT652734", "KT652787",
"KT652843", "KT652899", "KT652955", "KT652973", "KT653029",
"KT653085", "KT653151", "KT653207", "KT653257", "KT653310",
"KT653366", "KT653421", "KT653475", "KT653531", "KT653587",
"KT653643", "KT653699", "KT653755", "KT653810", "KT653866",
"KT653898", "KT653953", "KT654009", "KT654055", "KT654110",
"KT654166", "KT654222", "KT654278", "KT654334", "KT654390",
"KT654444", "KT654498", "KT654553", "KT654607", "KT654660",
"KT654715", "KT654771", "KT654827", "KT654882", "KT654938",
"KT654993", "KT655008", "KT655064", "KT655120", "KT655213",
"KT655269", "KT655324", "KT655380", "KT655435", "KT655490",
"KT655546", "KT655599", "KT655655", "KT655710", "KT655766",
"KT655821", "KT655877", "KT655933", "KT655989", "KT656045",
"KT656093", "KT656202", "KT656258", "KT656314", "KT656370",
"KT656425", "KT656479", "KT656535", "KT656590", "KT656645",
"KT656699", "KT656755", "KT656831", "KT656880", "KT656935",
"KT656991", "KT657098", "KT657154", "KT657210", "KT657266",
"KT657312", "KT657365", "KT657414", "KT657470", "KT657526",
"KT657581", "KT657632", "KT657686", "KT657742", "KT657798",
"KT657850", "KT657906", "KT657961", "KT658017", "KT658072",
"KT658128", "KT658184", "KT658240", "KT658296", "KT658346",
"KT658400", "KT658456", "KT658512", "KT658563", "KT658593",
"KT658648", "KT658703", "KT658759", "KT658814", "KT658830",
"KT658886", "KT658942", "KT658998", "KT659054", "KT659107",
"KT659163", "KT659218", "KT659274", "KT659329", "KT659385",
"KT659440", "KT659495", "KT659551", "KT659606", "KT659662",
"KT659718", "KT659774", "KT659830", "KT659884", "KT659940",
"KT659969", "KT660023", "KT660078", "KT660132", "KT660187",
"KT660243", "KT660299", "KT660354", "KT660410", "KT660464",
"KT660520", "KT660576", "KT660631", "KT660687", "KT660743",
"KT660798", "KT660854", "KT660910", "KT660966", "KT661022",
"KT661078", "KT661134", "KT661189", "KT661245", "KT661300",
"KT661359", "KT661414", "KT661469", "KT661525", "KT661579",
"KT661635", "KT661688", "KT661743", "KT661798", "KT661877",
"KT661933", "KT661987", "KT662043", "KT662094", "KT662150",
"KT662214", "KT662269", "KT662325", "KT662380", "KT662436",
"KT662490", "KT662545", "KT662600", "KT662656", "KT662712",
"KT662768", "KT662824", "KT662879", "KT662931", "KT662987",
"KT663041", "KT663097", "KT663151", "KT663207", "KT663263",
"KT663319", "KT663373", "KT663429", "KT663483", "KT663539",
"KT663595", "KT663650", "KT663706", "KT663762", "KT663828",
"KT663884", "KT663939", "KT663993", "KT664049", "KT664105",
"KT664161", "KT664211", "KT664266", "KT664322", "KT664375",
"KT664431", "KT664486", "KT664533", "KT664589", "KT664638",
"KT664694", "KT664750", "KT664804", "KT664860", "KT664916",
"KT664972", "KT665027", "KT665082", "KT665138", "KT665193",
"KT665249", "KT665305", "KT665361", "KT665417", "KT665469",
"KT665525", "KT665580", "KT665634", "KT665689", "KT665745",
"KT665801", "KT665857", "KT665912", "KT665968", "KT666024",
"KT666080", "KT666135", "KT666191", "KT666246", "KT666302",
"KT666356", "KT666406", "KT666460", "KT666525", "KT666581",
"KT666636", "KT666692", "KT666748", "KT666803", "KT666854",
"KT666910", "KT666966", "KT667021", "KT667075", "KT667130",
"KT667186", "KT667242", "KT667298", "KT667353", "KT667407",
"KT667457", "KT667508", "KT667564", "KT667619", "KT667664",
"KT667717", "KT667747", "KT667803", "KT667859", "KT667911",
"KT667966", "KT668021", "KT668077", "KT668133", "KT668187",
"KT668243", "KT668295", "KT668350", "KT668405", "KT668510",
"KT668566", "KT668622", "KT668678", "KT668724", "KT668780",
"KT668840", "KT668894", "KT668950", "KT669006", "KT669061",
"KT669117", "KT669173", "KT669229", "KT669280", "KT669335",
"KT669390", "KT669444", "KT669500", "KT669556", "KT669611",
"KT669662", "KT669718", "KT669774", "KT669830", "KT669886",
"KT669942", "KT669992", "KT670047", "KT670103", "KT670157",
"KT670213", "KT670268", "KT670315", "KT670369", "KT670424",
"KT670480", "KT670535", "KT670591", "KT670644", "KT670700",
"KT670755", "KT670809", "KT670862", "KT670918", "KT670972",
"KT671021", "KT671077", "KT671183", "KT671202", "KT671257",
"KT671313", "KT671369", "KT671424", "KT671479", "KT671533",
"KT671589", "KT671644", "KT671699", "KT671755", "KT671811",
"KT671867", "KT671923", "KT671979", "KT672035", "KT672091",
"KT672144", "KT672204", "KT672260", "KT672316", "KT672408",
"KT672464", "KT672520", "KT672576", "KT672632", "KT672686",
"KT672742", "KT672798", "KT672853", "KT672909", "KT672965",
"KT673021", "KT673075", "KT673130", "KT673185", "KT673241",
"KT673293", "KT673349", "KT673404", "KT673458", "KT673514",
"KT673570", "KT673652", "KT673708", "KT673764", "KT673819",
"KT673873", "KT673929", "KT673984", "KT674038", "KT674091",
"KT674147", "KT674202", "KT674258", "KT674313", "KT674369",
"KT674424", "KT674480", "KT674536", "KT674592", "KT674647",
"KT674703", "KT674756", "KT674812", "KT674868", "KT674922",
"KT674978", "KT675034", "KT675090", "KT675145", "KT675201",
"KT675254", "KT675310", "KT675365", "KT675421", "KT675477",
"KT675532", "KT675588", "KT675644", "KT675700", "KT675756",
"KT675804", "KT675859", "KT675915", "KT675970", "KT676026",
"KT676077", "KT676133", "KT676189", "KT676244", "KT676300",
"KT676356", "KT676412", "KT676468", "KT676524", "KT676580",
"KT676635", "KT676691", "KT676745", "KT676792", "KT676848",
"KT676903", "KT676959", "KT677015", "KT677070", "KT677126",
"KT677199", "KT677255", "KT677311", "KT677362", "KT677416",
"KT677470", "KT677578", "KT677634", "KT677690", "KT677746",
"KT677793", "KT677849", "KT677904", "KT677960", "KT678011",
"KT678062", "KT678113", "KT678168", "KT678224", "KT678278",
"KT678329", "KT678437", "KT678493", "KT678549", "KT678604",
"KT678658", "KT678713", "KT678769", "KT678825", "KT678880",
"KT678936", "KT678990", "KT679046", "KT679102", "KT679158",
"KT679214", "KT679270", "KT679315", "KT679371", "KT679427",
"KT679483", "KT679537", "KT679593", "KT679649", "KT679682",
"KT679738", "KT679794", "KT679849", "KT679905", "KT679960",
"KT680015", "KT680071", "KT680127", "KT680183", "KT680239",
"KT680295", "KT680351", "KT680406", "KT680461", "KT680517",
"KT680571", "KT680625", "KT680680", "KT680736", "KT680788",
"KT680827", "KT680882", "KT680938", "KT680994", "KT681049",
"KT681104", "KT681160", "KT681216", "KT681271", "KT681327",
"KT681374", "KT681430", "KT681485", "KT681540", "KT681596",
"KT681651", "KT681707", "KT681763", "KT681819", "KT681873",
"KT681928", "KT681975", "KT681996", "KT682052", "KT682108",
"KT682163", "KT682219", "KT682275", "KT682327", "KT682383",
"KT682433", "KT682488", "KT682544", "KT682600", "KT682656",
"KT682712", "KT682768", "KT682823", "KT682879", "KT682933",
"KT682989", "KT683044", "KT683100", "KT683156", "KT683211",
"KT683267", "KT683322", "KT683378", "KT683428", "KT683483",
"KT683539", "KT683595", "KT683651", "KT683707", "KT683757",
"KT683813", "KT683869", "KT683925", "KT683979", "KT684035",
"KT684090", "KT684144", "KT684200", "KT684256", "KT684312",
"KT684326", "KT684378", "KT684434", "KT684490", "KT684544",
"KT684600", "KT684656", "KT684712", "KT684768", "KT684824",
"KT684870", "KT684926", "KT684981", "KT685037", "KT685088",
"KT685138", "KT685194", "KT685250", "KT685306", "KT685362",
"KT685417", "KT685473", "KT685529", "KT685584", "KT685640",
"KT685696", "KT685752", "KT685807", "KT685912", "KT685967",
"KT686022", "KT686077", "KT686127", "KT686180", "KT686236",
"KT686292", "KT686347", "KT686403", "KT686458", "KT686512",
"KT686568", "KT686624", "KT686680", "KT686736", "KT686791",
"KT686847", "KT686903", "KT687000", "KT687045", "KT687101",
"KT687157", "KT687213", "KT687269", "KT687323", "KT687379",
"KT687435", "KT687489", "KT687538", "KT687594", "KT687649",
"KT687705", "KT687757", "KT687812", "KT687867", "KT687923",
"KT687979", "KT688082", "KT688138", "KT688193", "KT688248",
"KT688304", "KT688412", "KT688468", "KT688523", "KT688579",
"KT688635", "KT688689", "KT688744", "KT688800", "KT688856",
"KT688912", "KT688967", "KT689023", "KT689079", "KT689135",
"KT689190", "KT689246", "KT689301", "KT689352", "KT689408",
"KT689464", "KT689520", "KT689576", "KT689631", "KT689686",
"KT689741", "KT689797", "KT689847", "KT689902", "KT689958",
"KT690014", "KT690070", "KT690126", "KT690182", "KT690231",
"KT690287", "KT690341", "KT690397", "KT690452", "KT690508",
"KT690563", "KT690618", "KT690672", "KT690728", "KT690782",
"KT690834", "KT690889", "KT690945", "KT691001", "KT691054",
"KT691110", "KT691166", "KT691221", "KT691275", "KT691331",
"KT691386", "KT691442", "KT691498", "KT691554", "KT691609",
"KT691665", "KT691719", "KT691775", "KT691819", "KT691873",
"KT691928", "KT691982", "KT692038", "KT692094", "KT692150",
"KT692259", "KT692315", "KT692370", "KT692425", "KT692481"
), class = "factor")), .Names = "V1", class = "data.frame", row.names = c(NA, -1041L))
long.manual<-try(ape::read.GenBank(as.vector(Achrist$V1),chunk.size = 400, quiet = FALSE))
if ("try-error"%in%class(long.manual)) {
skip("could not connect to remote database")
}else{
long.manual.res<-which(summary(long.manual)[,1]==max(as.numeric(summary(long.manual)[,1])))
long.test.res <- try(FindLongestSeq(Achrist$V1)$Accession)
}
if ("try-error"%in%class(long.test.res)) {
skip("could not connect to remote database")
}
expect_identical(long.test.res, names(long.manual.res))
})
Any scripts or data that you put into this service are public.
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.