Exemplo: Como editar imagens
In ExpImage: Tool For Analysis of Images in Experiments

knitr::opts_chunk$set(
  collapse = TRUE,
  comment = "#>"
)

Introdução

Obrigado por utilizar o pacote ExpImage. Este pacote foi desenvolvido a fim de facilitar o uso da analise de imagens na obtenção de várias informações sobre os objetos que elas contém. Para a utilização do pacote é indispensável a instalação do pacote EBImage. Geralmente, este pacote pode ser instalado ao executar os seguintes comandos:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("EBImage")

Porém se houver problemas na instalação sugerimos que consulte mais opções de instalação no site: https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/EBImage.html

Para instalar o pacote ´ExpImage´ basta utilizar o seguinte comando:

install.packages("ExpImage")

Convidamos a todos os usuários do ExpImage que venha conhecer nossos materiais didáticos sobre este e outros pacotes nos seguintes links:

https://www.youtube.com/channel/UCDGyvLCJnv9RtTY1YMBMVNQ

https://www.expstat.com/

Abrindo as imagens no R

Ativação dos pacotes

Após a instalação dos pacotes é necessário fazer sua ativação

 library(EBImage)
library(ExpImage)

Abrindo as imagens.

Para abrir as imagens pode-se inicialmente indicar a pasta de trabalho onde a imagem se encontra com a função setwd. E, posteriormente, abrir a imagem com a função read_image.

Neste caso, poderiam ser utilizados comandos como esses:

#Apagar memoria do R

remove(list=ls())

#Indicar a pasta de trabalho

setwd("D:/Backup Pendrive/")

im=read_image("Imagem.jpeg",plot=TRUE)

Neste exemplo utilizaremos uma imagem contida no banco de dados do pacote.

# Obtendo o endereço da imagem de exemplo
end=example_image(1)
im=read_image(end,plot=TRUE)

Em algumas situações, torna-se necessário efetuar a edição das imagens, cortando-as e alterando brilho, contraste, etc.

##Diminuir a resolucao (tamanho da imagem)
im2=resize_image(im,w=1000,plot=TRUE)

##Cortar Imagem
im3=crop_image(im2,w =200:650,h=100:450,plot = TRUE)

##Aumentar brilho
im4=edit_image(im3,brightness = 0.1,plot = TRUE)

#Aumentar contraste
im5=edit_image(im4,contrast = 1.2,plot = TRUE)

#Aumentar gamma
im6=edit_image(im5,gamma  = 1.1,plot = TRUE)


#Alterando brilho, contraste e gamma
imb=edit_image(im3,brightness = 0.1,contrast = 1.7,gamma  = 1.2,plot = TRUE)
imb

Também é possível excluir o background da imagem. Para isso, deve-se primeiro fazer uma segmentação.

#Extração da banda
r=gray_scale(imb,method = "r",plot=TRUE)

#Segmentação
seg=segmentation(r,treshold =0.2,selectHigher = TRUE,fillHull = T,plot = TRUE )

#Remoção do background
imc=extract_pixels(imb,target = seg,valueTarget = 1,valueSelect = c(0,1,0),plot = TRUE)