GLIDE.R
In GLIDE: Global and Individual Tests for Direct Effects

### R code from vignette source 'GLIDE.Rnw'

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### code chunk number 1: loadLibrary
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library(GLIDE)


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### code chunk number 2: data
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data(simdata)
#The example dataset is a list composed of two dataframes. 
#simat stores 20,000 observations of 81 variables, 
#including outcome, 5 ajusting covariates, and 75 SNPs.  
simdat=simdata$simdat
dim(simdat)
head(colnames(simdat),n=10)
#coeff stores the 75 external regression cofficients.
coeff=simdata$coeff
head(coeff)



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### code chunk number 3: genotype_columns
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genotype_columns=which(grepl("^SNP",colnames(simdat)))


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### code chunk number 4: formula
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formula=as.formula("outcome~age+sex+pc1+pc2+pc3")
formula


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### code chunk number 5: out
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out=glide(formula=formula,exposure_coeff=coeff,genotype_columns,data=simdat,
          np=100000,qcutoff=0.2,parallel=TRUE,corenumber=1,verbose=TRUE)
head(out)


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### code chunk number 6: GLIDE.Rnw:120-124
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cat('\\begin{figure}[h]\n')
file = "./plot.png"
cat('\\includegraphics{', file, '}\n', sep = '')
cat('\\end{figure}\n')


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### code chunk number 7: sessionInfo
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sessionInfo()