PopGenReport: A Simple Framework to Analyse Population Genetic Data

Share:

Provides beginner friendly framework to analyse population genetic data. It uses 'knitr' to create comprehensive reports on spatial genetic data. For detailed information how to use the package refer to the comprehensive tutorials or visit www.popgenreport.org.

Author
Bernd Gruber [aut, cre], Aaron Adamack [aut]
Date of publication
2016-05-11 12:06:20
Maintainer
Bernd Gruber <bernd.gruber@canberra.edu.au>
License
GPL
Version
2.2.2
URLs

View on CRAN

Man pages

addline
Function to add lines to landscape
addpoly
Function to add a polygon to a landscape
allele.dist
Counts and visualises allele frequencies across loci and...
allel.rich
Calculates the allelic richness for a genind object
bilby
Bilby data set
costdistances
Calculates cost distances for a given landscape (resistance...
emigration
Function to execute emigration on a pops object
fric.raster
a simulated friction map
gd.kosman
Individual genetic distance calculation based on Kosman &...
gd.smouse
Individual genetic distance calculation based on Smouse and...
genleastcost
Least-cost path analysis based on a friction matrix
init.popgensim
Initialise a pops object fo a a popgen simulation
landgen
A simulated genind data set with spatial coordinates
landgenreport
Create a landscape genetic report
lgrMMRR
Multiple Matrix Regression with Randomization analysis
mutation
Function to execute mutation on a pop data.frame
null.all
Checks for the presence of and determine the frequency of...
opt.landgen
Function for optimising a landscape genetic analysis based on...
p2p
Function to calculate dispersal distances based on cost...
pairwise.fstb
Calculates pairwise fsts using a genind object (very fast)
popgenreport
This is the main function of the package. It analyses an...
PopGenReport-package
Analysing population genetic data within a simple framework
pops2genind
Function converts pops to a genind object
read.genetable
Function to convert textfiles into a genind object (the...
reproduction
Function to execute reproduction on a pop data.frame
run.popgensim
Run forward step generations a popgen simulation
spautocor
Spatial autocorrelation following Smouse and Pekall 1999
wassermann
Partial Mantel tests on costdistance matrices

Files in this package

PopGenReport
PopGenReport/inst
PopGenReport/inst/CITATION
PopGenReport/inst/extdata
PopGenReport/inst/extdata/platypus1c.csv
PopGenReport/inst/extdata/nancycoords.csv
PopGenReport/inst/extdata/platypus2c.csv
PopGenReport/inst/extdata/tiger.csv
PopGenReport/inst/doc
PopGenReport/inst/doc/Tutorial_landgenreport.pdf
PopGenReport/inst/doc/PopGenReportIntroduction.rnw
PopGenReport/inst/doc/Tutorial_landgenreport.rnw
PopGenReport/inst/doc/PopGenReportIntroduction.pdf
PopGenReport/inst/swchunks
PopGenReport/inst/swchunks/allele.dist.snw
PopGenReport/inst/swchunks/pmantel.snw
PopGenReport/inst/swchunks/footer.snw
PopGenReport/inst/swchunks/gd.kosman.snw
PopGenReport/inst/swchunks/gd.smouse.snw
PopGenReport/inst/swchunks/null.all.snw
PopGenReport/inst/swchunks/hwe.snw
PopGenReport/inst/swchunks/custom.snw
PopGenReport/inst/swchunks/header.snw
PopGenReport/inst/swchunks/locihz.snw
PopGenReport/inst/swchunks/differ.stats.snw
PopGenReport/inst/swchunks/counts.snw
PopGenReport/inst/swchunks/allel.rich.snw
PopGenReport/inst/swchunks/required.snw
PopGenReport/inst/swchunks/pcoa.snw
PopGenReport/inst/swchunks/spautocor.snw
PopGenReport/inst/swchunks/map.snw
PopGenReport/inst/swchunks/fst.snw
PopGenReport/NAMESPACE
PopGenReport/data
PopGenReport/data/landgen.rda
PopGenReport/data/fric.raster.rda
PopGenReport/data/bilby.rda
PopGenReport/R
PopGenReport/R/popdynfun.r
PopGenReport/R/opt.landgen.r
PopGenReport/R/popgenreport.r
PopGenReport/R/wassermann.r
PopGenReport/R/gd.smouse.r
PopGenReport/R/null.all.r
PopGenReport/R/spautocor.r
PopGenReport/R/lgrMMRR.r
PopGenReport/R/gd.kosman.r
PopGenReport/R/allel.rich.r
PopGenReport/R/landgenreport.r
PopGenReport/R/allele.dist.r
PopGenReport/R/genleastcost.r
PopGenReport/R/read.genetable.r
PopGenReport/R/costdistances.r
PopGenReport/vignettes
PopGenReport/vignettes/figures
PopGenReport/vignettes/figures/Tutorial_landgenreport_create.Rnw
PopGenReport/vignettes/figures/Tutorial_landgenreport.pdf
PopGenReport/vignettes/figures/createpdfs.R
PopGenReport/vignettes/figures/PopGenReportIntroduction.pdf
PopGenReport/vignettes/PopGenReportIntroduction.rnw
PopGenReport/vignettes/Tutorial_landgenreport.rnw
PopGenReport/MD5
PopGenReport/build
PopGenReport/build/vignette.rds
PopGenReport/DESCRIPTION
PopGenReport/man
PopGenReport/man/addpoly.Rd
PopGenReport/man/pops2genind.Rd
PopGenReport/man/addline.Rd
PopGenReport/man/reproduction.Rd
PopGenReport/man/spautocor.Rd
PopGenReport/man/landgen.Rd
PopGenReport/man/gd.kosman.Rd
PopGenReport/man/mutation.Rd
PopGenReport/man/costdistances.Rd
PopGenReport/man/lgrMMRR.Rd
PopGenReport/man/init.popgensim.Rd
PopGenReport/man/landgenreport.Rd
PopGenReport/man/PopGenReport-package.Rd
PopGenReport/man/read.genetable.Rd
PopGenReport/man/wassermann.Rd
PopGenReport/man/emigration.Rd
PopGenReport/man/p2p.Rd
PopGenReport/man/run.popgensim.Rd
PopGenReport/man/allele.dist.Rd
PopGenReport/man/gd.smouse.Rd
PopGenReport/man/null.all.Rd
PopGenReport/man/fric.raster.Rd
PopGenReport/man/bilby.Rd
PopGenReport/man/pairwise.fstb.Rd
PopGenReport/man/opt.landgen.Rd
PopGenReport/man/allel.rich.Rd
PopGenReport/man/popgenreport.Rd
PopGenReport/man/genleastcost.Rd