PopGenReport: A Simple Framework to Analyse Population Genetic Data

Provides beginner friendly framework to analyse population genetic data. It uses 'knitr' to create comprehensive reports on spatial genetic data. For detailed information how to use the package refer to the comprehensive tutorials or visit www.popgenreport.org.

AuthorBernd Gruber [aut, cre], Aaron Adamack [aut]
Date of publication2016-05-11 12:06:20
MaintainerBernd Gruber <bernd.gruber@canberra.edu.au>
LicenseGPL
Version2.2.2
https://github.com/green-striped-gecko/PopGenReport

View on CRAN

Man pages

addline: Function to add lines to landscape

addpoly: Function to add a polygon to a landscape

allele.dist: Counts and visualises allele frequencies across loci and...

allel.rich: Calculates the allelic richness for a genind object

bilby: Bilby data set

costdistances: Calculates cost distances for a given landscape (resistance...

emigration: Function to execute emigration on a pops object

fric.raster: a simulated friction map

gd.kosman: Individual genetic distance calculation based on Kosman &...

gd.smouse: Individual genetic distance calculation based on Smouse and...

genleastcost: Least-cost path analysis based on a friction matrix

init.popgensim: Initialise a pops object fo a a popgen simulation

landgen: A simulated genind data set with spatial coordinates

landgenreport: Create a landscape genetic report

lgrMMRR: Multiple Matrix Regression with Randomization analysis

mutation: Function to execute mutation on a pop data.frame

null.all: Checks for the presence of and determine the frequency of...

opt.landgen: Function for optimising a landscape genetic analysis based on...

p2p: Function to calculate dispersal distances based on cost...

pairwise.fstb: Calculates pairwise fsts using a genind object (very fast)

popgenreport: This is the main function of the package. It analyses an...

PopGenReport-package: Analysing population genetic data within a simple framework

pops2genind: Function converts pops to a genind object

read.genetable: Function to convert textfiles into a genind object (the...

reproduction: Function to execute reproduction on a pop data.frame

run.popgensim: Run forward step generations a popgen simulation

spautocor: Spatial autocorrelation following Smouse and Pekall 1999

wassermann: Partial Mantel tests on costdistance matrices

Files in this package

PopGenReport
PopGenReport/inst
PopGenReport/inst/CITATION
PopGenReport/inst/extdata
PopGenReport/inst/extdata/platypus1c.csv
PopGenReport/inst/extdata/nancycoords.csv
PopGenReport/inst/extdata/platypus2c.csv
PopGenReport/inst/extdata/tiger.csv
PopGenReport/inst/doc
PopGenReport/inst/doc/Tutorial_landgenreport.pdf
PopGenReport/inst/doc/PopGenReportIntroduction.rnw
PopGenReport/inst/doc/Tutorial_landgenreport.rnw
PopGenReport/inst/doc/PopGenReportIntroduction.pdf
PopGenReport/inst/swchunks
PopGenReport/inst/swchunks/allele.dist.snw
PopGenReport/inst/swchunks/pmantel.snw
PopGenReport/inst/swchunks/footer.snw
PopGenReport/inst/swchunks/gd.kosman.snw
PopGenReport/inst/swchunks/gd.smouse.snw
PopGenReport/inst/swchunks/null.all.snw
PopGenReport/inst/swchunks/hwe.snw
PopGenReport/inst/swchunks/custom.snw
PopGenReport/inst/swchunks/header.snw
PopGenReport/inst/swchunks/locihz.snw
PopGenReport/inst/swchunks/differ.stats.snw
PopGenReport/inst/swchunks/counts.snw
PopGenReport/inst/swchunks/allel.rich.snw
PopGenReport/inst/swchunks/required.snw
PopGenReport/inst/swchunks/pcoa.snw
PopGenReport/inst/swchunks/spautocor.snw
PopGenReport/inst/swchunks/map.snw
PopGenReport/inst/swchunks/fst.snw
PopGenReport/NAMESPACE
PopGenReport/data
PopGenReport/data/landgen.rda
PopGenReport/data/fric.raster.rda
PopGenReport/data/bilby.rda
PopGenReport/R
PopGenReport/R/popdynfun.r
PopGenReport/R/opt.landgen.r
PopGenReport/R/popgenreport.r
PopGenReport/R/wassermann.r
PopGenReport/R/gd.smouse.r
PopGenReport/R/null.all.r
PopGenReport/R/spautocor.r
PopGenReport/R/lgrMMRR.r
PopGenReport/R/gd.kosman.r
PopGenReport/R/allel.rich.r
PopGenReport/R/landgenreport.r
PopGenReport/R/allele.dist.r
PopGenReport/R/genleastcost.r
PopGenReport/R/read.genetable.r
PopGenReport/R/costdistances.r
PopGenReport/vignettes
PopGenReport/vignettes/figures
PopGenReport/vignettes/figures/Tutorial_landgenreport_create.Rnw
PopGenReport/vignettes/figures/Tutorial_landgenreport.pdf
PopGenReport/vignettes/figures/createpdfs.R
PopGenReport/vignettes/figures/PopGenReportIntroduction.pdf
PopGenReport/vignettes/PopGenReportIntroduction.rnw
PopGenReport/vignettes/Tutorial_landgenreport.rnw
PopGenReport/MD5
PopGenReport/build
PopGenReport/build/vignette.rds
PopGenReport/DESCRIPTION
PopGenReport/man
PopGenReport/man/addpoly.Rd PopGenReport/man/pops2genind.Rd PopGenReport/man/addline.Rd PopGenReport/man/reproduction.Rd PopGenReport/man/spautocor.Rd PopGenReport/man/landgen.Rd PopGenReport/man/gd.kosman.Rd PopGenReport/man/mutation.Rd PopGenReport/man/costdistances.Rd PopGenReport/man/lgrMMRR.Rd PopGenReport/man/init.popgensim.Rd PopGenReport/man/landgenreport.Rd PopGenReport/man/PopGenReport-package.Rd PopGenReport/man/read.genetable.Rd PopGenReport/man/wassermann.Rd PopGenReport/man/emigration.Rd PopGenReport/man/p2p.Rd PopGenReport/man/run.popgensim.Rd PopGenReport/man/allele.dist.Rd PopGenReport/man/gd.smouse.Rd PopGenReport/man/null.all.Rd PopGenReport/man/fric.raster.Rd PopGenReport/man/bilby.Rd PopGenReport/man/pairwise.fstb.Rd PopGenReport/man/opt.landgen.Rd PopGenReport/man/allel.rich.Rd PopGenReport/man/popgenreport.Rd PopGenReport/man/genleastcost.Rd

Questions? Problems? Suggestions? or email at ian@mutexlabs.com.

All documentation is copyright its authors; we didn't write any of that.