inst/docs/cn/reference/colors-legend.md

In Rclade: Automated Deep-Time Phylogenetic Tree Collapsing and Visualization

颜色与图例

生成色盲友好的调色板，并拆分图例以生成出版级图表。

本模块包含以下函数：

• generate_colors — 为分类分组生成颜色映射
• split_legend — 拆分图例为独立 grob 并用 patchwork 组合

generate_colors

为分类分组生成颜色映射

根据分组名为每个分组分配颜色，支持 viridis 等色盲友好调色板或自定义颜色，等价于 plot_timetree 内部的着色逻辑。

用法：

generate_colors(groups, palette = "viridis", color_mapping = NULL)

参数：

| 参数 | 说明 | |------|------| | groups | 分组名字符向量。 | | palette | 调色板名称（viridis / Set1 / rainbow 等）或颜色向量。 | | color_mapping | 具名颜色向量，优先级最高。 |

返回值：

返回分组名到颜色的具名向量。

示例：

groups <- c("Firmicutes", "Proteobacteria", "Bacteroidetes")
generate_colors(groups, palette = "viridis")

split_legend

拆分图例为独立 grob 并用 patchwork 组合

将拥挤的图例拆分为多列重新排布，再与主图组合，适用于分组很多、单图例过长的情况。

用法：

split_legend(p, ncol_split = 2)

参数：

| 参数 | 说明 | |------|------| | p | ggplot 对象。 | | ncol_split | 图例拆分的列数（用于重排）。 |

返回值：

返回 patchwork 组合对象。

示例：

data(example_tree)
p <- plot_timetree(example_tree, rank = "phylum")
split_legend(p, ncol_split = 2)

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